+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5whv | ||||||
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Title | Crystal structure of ArtB | ||||||
Components | ArtB protein | ||||||
Keywords | TOXIN / bacterial toxin / glycan | ||||||
Function / homology | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ArtB protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. DT104 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.303 Å | ||||||
Authors | Gao, X. / Galan, J.E. | ||||||
Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2017 Title: Evolution of host adaptation in the Salmonella typhoid toxin. Authors: Gao, X. / Deng, L. / Stack, G. / Yu, H. / Chen, X. / Naito-Matsui, Y. / Varki, A. / Galan, J.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5whv.cif.gz | 521.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5whv.ent.gz | 435.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5whv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/5whv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/5whv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5whtC 5whuC 4rhrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 10 molecules ABCDEFGHIJ
#1: Protein | Mass: 16910.010 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. DT104 (bacteria) Gene: ArtB, ERS157243_04891 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q404H3 |
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-Non-polymers , 5 types, 734 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: peg 200, calcium chloride / PH range: 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Aug 21, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 68092 / % possible obs: 96.59 % / Redundancy: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.42 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RHR Resolution: 2.303→31.124 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.303→31.124 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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