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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pfv | ||||||
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タイトル | Structure of S. venezuelae RisG-WhiG-c-di-GMP complex: orthorhombic crystal form | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RsiG / WhiG / c-di-GMP / sigma (Σ) / anti-sigma / Streptomyces (ストレプトマイセス属) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020 タイトル: c-di-GMP Arms an Anti-sigma to Control Progression of Multicellular Differentiation in Streptomyces. 著者: Gallagher, K.A. / Schumacher, M.A. / Bush, M.J. / Bibb, M.J. / Chandra, G. / Holmes, N.A. / Zeng, W. / Henderson, M. / Zhang, H. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pfv.cif.gz | 669 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pfv.ent.gz | 564.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pfv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19992.371 Da / 分子数: 3 / 変異: P91G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RFR7 #2: タンパク質 | 分子量: 30809.855 Da / 分子数: 3 / 変異: D38E, I97V, R144G, S150T, T159S, E162D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア) 遺伝子: EDD98_3685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N1Q704 #3: 化合物 | ChemComp-C2E / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 9% MPD, 10% PEG 1000 and 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→87.897 Å / Num. obs: 59828 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.04 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2129 / CC1/2: 0.447 / Rpim(I) all: 0.653 / % possible all: 99.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PFJ 解像度: 3→87.897 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 33.04
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 256.36 Å2 / Biso mean: 112.7061 Å2 / Biso min: 32.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→87.897 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 54.1987 Å / Origin y: 32.2717 Å / Origin z: 15.9632 Å
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精密化 TLSグループ |
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