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- PDB-6pfj: Structure of S. venezuelae RsiG-WhiG-(ci-di-GMP) complex, P64 cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfj
タイトルStructure of S. venezuelae RsiG-WhiG-(ci-di-GMP) complex, P64 crystal form
要素
  • AmfC protein
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / sigma (Σ) / anti-sigma / c-di-GMP / developmental switch
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / RNA polymerase sigma factor / AmfC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: c-di-GMP Arms an Anti-sigma to Control Progression of Multicellular Differentiation in Streptomyces.
著者: Gallagher, K.A. / Schumacher, M.A. / Bush, M.J. / Bibb, M.J. / Chandra, G. / Holmes, N.A. / Zeng, W. / Henderson, M. / Zhang, H. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: AmfC protein
A: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2974
ポリマ－50,9162
非ポリマー1,3812
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.089, 92.089, 96.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 AmfC protein / RsiG


分子量: 19992.371 Da / 分子数: 1 / 変異: P91G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RFR7
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor / WhiG


分子量: 30924.023 Da / 分子数: 1 / 変異: D38E, S150T, T159S, E162D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア)
遺伝子: EDD98_3685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N1Q704
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 9% MPD, 10% PEG 1000, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→79.8 Å / Num. obs: 53003 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.11 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSolautosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→79.75 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 26.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 3283 6.19 %
Rwork0.19 --
obs0.193 53003 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 75.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→79.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 92 43 3032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2774142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5971850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.11110.36741130.31911717X-RAY DIFFRACTION77
2.1111-2.14410.37471180.32711787X-RAY DIFFRACTION79
2.1441-2.17920.39931150.36951866X-RAY DIFFRACTION83
2.1792-2.21680.31311320.28112006X-RAY DIFFRACTION89
2.2168-2.25710.32041390.26672116X-RAY DIFFRACTION94
2.2571-2.30050.29421590.25142224X-RAY DIFFRACTION99
2.3005-2.34750.26361380.21942192X-RAY DIFFRACTION100
2.3475-2.39850.22481480.21522219X-RAY DIFFRACTION100
2.3985-2.45430.251540.20232291X-RAY DIFFRACTION100
2.4543-2.51570.28091470.25052126X-RAY DIFFRACTION95
2.5157-2.58380.24871500.20922186X-RAY DIFFRACTION99
2.5838-2.65980.26281500.20042293X-RAY DIFFRACTION100
2.6598-2.74560.24821380.19312227X-RAY DIFFRACTION100
2.7456-2.84380.21981440.17792283X-RAY DIFFRACTION100
2.8438-2.95760.27531520.20722251X-RAY DIFFRACTION100
2.9576-3.09230.25581460.22632218X-RAY DIFFRACTION100
3.0923-3.25530.27091480.22112257X-RAY DIFFRACTION100
3.2553-3.45920.26391520.20132228X-RAY DIFFRACTION100
3.4592-3.72630.24851500.19212245X-RAY DIFFRACTION100
3.7263-4.10130.23921420.16372247X-RAY DIFFRACTION100
4.1013-4.69470.16851420.13872257X-RAY DIFFRACTION100
4.6947-5.91460.19331570.17122236X-RAY DIFFRACTION100
5.9146-79.81010.24141490.18322248X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.24 Å / Origin y: -3.0781 Å / Origin z: -0.2581 Å
111213212223313233
T0.3885 Å20.0854 Å20.0112 Å2-0.3899 Å20.0341 Å2--0.4322 Å2
L1.142 °21.5407 °2-0.5922 °2-4.0212 °2-0.6537 °2--1.7391 °2
S0.1924 Å °-0.1255 Å °-0.0025 Å °-0.2017 Å °-0.2849 Å °0.1199 Å °-0.0123 Å °0.0469 Å °-0.0261 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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