PDB-6pfu: rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the non-fluorescent off...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfu

タイトル

rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the non-fluorescent off-state in a contracted unit cell

要素

Green fluorescent protein

緑色蛍光タンパク質

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) /

Green Fluorescent Protein (緑色蛍光タンパク質)

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related /

緑色蛍光タンパク質 /

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy /

緑色蛍光タンパク質

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.619 Å

データ登録者

Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structural Evidence of Photoisomerization Pathways in Fluorescent Proteins.
著者: Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfu.cif.gz	114.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfu.ent.gz	85.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pfrC 6pfsC 6pftC 5dtyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a86-1 2duh-d 4w6a-2 7a89-1 6vio-2 1rmo-d 3gj1-1 6ylo-d 4kw4-d 1qxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.320, 59.479, 65.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 1.76 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES; Cryoprotectant 1.6 M sucrose, 2.72 M ammonium sulfate, 0.16 M HEPES. Temp details: Room temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.619→38.86 Å / Num. obs: 25996 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 20.13 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.02333 / R_rim(I) all: 0.03299 / Net I/σ(I): 14.19
反射シェル	解像度: 1.619→1.677 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.4409 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 2533 / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.6235 / % possible all: 98.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DTY

5dty

解像度: 1.619→38.856 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	3778	7.71 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1811	25986	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.619→38.856 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	10	167	1978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.922	2678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.155	1944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6192-1.6397	0.3588	134	0.3169	1627	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6397-1.6613	0.3647	135	0.2933	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6613-1.684	0.3304	138	0.2916	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.7081	0.3253	144	0.272	1729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7081-1.7336	0.2639	141	0.2566	1649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7336-1.7607	0.2734	141	0.2481	1678	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7607-1.7896	0.2823	138	0.2453	1653	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8204	0.254	140	0.2189	1664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8204-1.8535	0.2298	142	0.2218	1685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8535-1.8892	0.2413	143	0.1988	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8892-1.9277	0.2279	142	0.1888	1680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9277-1.9696	0.2014	140	0.1858	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9696-2.0155	0.2399	133	0.1866	1646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0155-2.0659	0.1599	140	0.1614	1699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0659-2.1217	0.2264	138	0.1663	1681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1217-2.1841	0.2005	133	0.1663	1649	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1841-2.2546	0.2437	143	0.1624	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2546-2.3352	0.176	138	0.1699	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3352-2.4287	0.2136	143	0.1668	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4287-2.5392	0.225	138	0.1724	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5392-2.673	0.2161	141	0.1671	1668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.673-2.8405	0.2431	141	0.1784	1673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8405-3.0597	0.2495	141	0.1799	1670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0597-3.3674	0.1556	142	0.1674	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3674-3.8543	0.1657	141	0.1532	1684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8543-4.8546	0.1687	144	0.1425	1687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8546-38.8669	0.195	144	0.1875	1671	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9481	-0.407	-0.3737	0.9717	-0.0524	1.0908	0.0312	-0.0502	-0.08	0.0057	0.0564	-0.28	0.0408	-0.0052	0.0033	0.125	-0.0036	-0.0124	0.1351	-0.0043	0.1692	28.5037	-5.4499	1.7117
2	1.1433	0.5894	-0.1331	1.8067	0.5216	0.8978	-0.0161	0.0715	0.053	-0.1651	0.0519	-0.0328	-0.0834	-0.0353	0	0.1401	0.0002	0.0122	0.1445	0.0049	0.121	23.3178	-0.728	-4.9851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 232 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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