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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kw4 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Green Fluorescent Protein | ||||||
![]() | Green fluorescent protein![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barnard, T.J. / Yu, X. / Noinaj, N. / Taraska, J.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Green Fluorescent Protein Authors: Barnard, T.J. / Yu, X. / Noinaj, N. / Taraska, J.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 148.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 27227.764 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S147H, S202H, Q204H, A206K Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The protein in this structure is a version of GFP called Emerald GFP Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Sequence details | EMERALD GFP HAS LEU AT POSITION 64, THR AT 65, ALA AT 72, LYS AT 149, THR AT 153, 167, LEU AT 231. ...EMERALD GFP HAS LEU AT POSITION 64, THR AT 65, ALA AT 72, LYS AT 149, THR AT 153, 167, LEU AT 231. RESIDUES THR 65, TYR 66, GLY 67 FORM A CHROMOPHOR |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.77 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 294 K / Method: hanging drop / pH: 8.2 Details: 50 mM HEPES pH 8.2, 50 mM MgCl2, 22% PEG4000, hanging drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 20, 2012 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.746→50 Å / Num. all: 31994 / Num. obs: 31923 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.312 / Net I/σ(I): 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.01 Å2 / Biso mean: 25.9969 Å2 / Biso min: 9.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.746→23.054 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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