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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ped | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HEMK2-TRMT112 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / complex / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H4K12 methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / protein-glutamine N-methyltransferase activity / arsonoacetate metabolic process / : / peptidyl-glutamine methylation / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity ...histone H4K12 methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / protein-glutamine N-methyltransferase activity / arsonoacetate metabolic process / : / peptidyl-glutamine methylation / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / メチル化 / protein methyltransferase activity / positive regulation of rRNA processing / tRNA methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / rRNA methylation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of gene expression, epigenetic / Eukaryotic Translation Termination / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / メチル化 / positive regulation of cell growth / nucleic acid binding / protein heterodimerization activity / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Dong, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of HEMK2-TRMT112 complex 著者: Dong, C. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ped.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ped.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ped.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6ped ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/6ped | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6k0xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25011.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, PRED28 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V3R 参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, Damメチラーゼ | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16415.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / プラスミド: pET15a-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -V3R / 参照: UniProt: Q9UI30 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-UNX / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.21 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M sodium/potassium phosphate / PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→47.86 Å / Num. obs: 21722 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 27.4 / Num. measured all: 412065 / Scaling rejects: 31 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: isomorphous PDB entry 6k0x 解像度: 2.3→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.252 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. Authors are unsure about the identity of the ligand that is currently modeled as SAH. Weak difference ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. Authors are unsure about the identity of the ligand that is currently modeled as SAH. Weak difference density suggests that the binding site may be occupied aternately by SAH or SAM.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.23 Å2 / Biso mean: 54.211 Å2 / Biso min: 32.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.302→2.362 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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