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- PDB-6pdu: Vaccine-elicited NHP FP-targeting antibody 13N024-a.01 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pdu
タイトルVaccine-elicited NHP FP-targeting antibody 13N024-a.01 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
要素
  • HIV-1 fusion peptide residue 512-519
  • antibody 13N024-a.01, heavy chain
  • antibody 13N024-a.01, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / neutralizing (中和抗体) / antibody (抗体) / NHP / FP / Fusion Peptide (膜融合タンパク質) / vaccine (ワクチン) / mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.953 Å
データ登録者Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Modular recognition of antigens provides a mechanism that improves vaccine-elicited antibody-class frequencies
著者: Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
履歴
登録2019年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody 13N024-a.01, light chain
H: antibody 13N024-a.01, heavy chain
C: HIV-1 fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4143
ポリマ－47,4143
非ポリマー00
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.032, 74.203, 93.914
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 antibody 13N024-a.01, light chain


分子量: 23859.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody 13N024-a.01, heavy chain


分子量: 22821.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-214 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV-1 fusion peptide residue 512-519


分子量: 732.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M NaCl, 10% PEG 400, 20% PEG 8000, 0.1M Na acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 35653 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 27.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.121 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 240628
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.985.10.53417470.8090.2560.5940.6198.5
1.98-2.025.50.46817310.8630.2160.5170.64999.1
2.02-2.065.70.46317560.8750.2090.5090.69599.6
2.06-2.160.40517470.9010.1790.4440.70799.9
2.1-2.156.30.38517620.9240.1650.420.732100
2.15-2.26.60.36817570.9330.1540.40.766100
2.2-2.256.90.33217610.9520.1360.360.815100
2.25-2.3170.31317640.9590.1270.3380.879100
2.31-2.387.10.27817630.9670.1120.30.891100
2.38-2.467.20.24917640.9670.0990.2680.893100
2.46-2.547.20.2117730.980.0840.2260.98799.9
2.54-2.657.20.18417940.980.0740.1991.069100
2.65-2.777.20.15817700.9870.0630.171.138100
2.77-2.917.20.12417700.9910.050.1341.253100
2.91-3.17.20.10417850.9930.0420.1121.349100
3.1-3.337.20.08717950.9950.0350.0941.534100
3.33-3.677.20.07817890.9960.0310.0841.871100
3.67-4.27.10.06218320.9970.0250.0671.793100
4.2-5.2970.05118530.9980.0210.0551.588100
5.29-506.60.0519400.9980.0210.0541.55399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.953→39.679 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 1652 4.64 %
Rwork0.1726 --
obs0.1744 35593 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.94 Å2 / Biso mean: 30.2851 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.953→39.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 0 394 3727
Biso mean---38.99 -
残基数----443
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9526-2.010.26751360.2072701283797
2.01-2.07490.24411530.185127592912100
2.0749-2.14910.20641460.180727852931100
2.1491-2.23510.2381100.181528252935100
2.2351-2.33680.22471210.184328202941100
2.3368-2.460.20451250.182228172942100
2.46-2.61410.23011160.18728382954100
2.6141-2.81590.21641350.185228332968100
2.8159-3.09920.22681600.18528262986100
3.0992-3.54740.20971310.166428682999100
3.5474-4.46830.18691450.149728863031100
4.4683-39.68760.19931740.167529833157100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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