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Yorodumi- PDB-6p9l: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p9l | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis KasA in complex with JFX | ||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
Function / homology | Function and homology information meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.305 Å | ||||||
Authors | Capodagli, G.C. / Neiditch, M.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2020 Title: A Preclinical Candidate Targeting Mycobacterium tuberculosis KasA. Authors: Inoyama, D. / Awasthi, D. / Capodagli, G.C. / Tsotetsi, K. / Sukheja, P. / Zimmerman, M. / Li, S.G. / Jadhav, R. / Russo, R. / Wang, X. / Grady, C. / Richmann, T. / Shrestha, R. / Li, L. / ...Authors: Inoyama, D. / Awasthi, D. / Capodagli, G.C. / Tsotetsi, K. / Sukheja, P. / Zimmerman, M. / Li, S.G. / Jadhav, R. / Russo, R. / Wang, X. / Grady, C. / Richmann, T. / Shrestha, R. / Li, L. / Ahn, Y.M. / Ho Liang, H.P. / Mina, M. / Park, S. / Perlin, D.S. / Connell, N. / Dartois, V. / Alland, D. / Neiditch, M.B. / Kumar, P. / Freundlich, J.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p9l.cif.gz | 173.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6p9l.ent.gz | 135.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p9l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/6p9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/6p9l | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6p9kC 6p9mC 5w2oS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 43141.711 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: kasA, Rv2245, MTCY427.26 Production host: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (bacteria) References: UniProt: P9WQD9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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-Non-polymers , 5 types, 85 molecules
#2: Chemical | ChemComp-JFX / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-NA / | ||
#4: Chemical | ChemComp-GOL / | ||
#5: Chemical | ChemComp-IPA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 200mM NaCl, 6% Isopropanol, 1mM tris(2-carboxyethyl)phosphone hydrochloride (TCEP HCl) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 17, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: 0.97946 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 23296 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 53.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 2.086 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W2O Resolution: 2.305→39.519 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.41 Å2 / Biso mean: 63.2467 Å2 / Biso min: 32.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.305→39.519 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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