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- PDB-6p7q: Structure of E. coli MS115-1 NucC, 5'-pApA bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7q
タイトルStructure of E. coli MS115-1 NucC, 5'-pApA bound form
要素
  • E. coli MS115-1 NucC
  • RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nuclease (ヌクレアーゼ)
機能・相同性Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleotide binding / metal ion binding / リボ核酸 / Endodeoxyribonuclease NucC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Ye, Q. / Lau, R.K. / Berg, K.R. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity.
著者: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E. coli MS115-1 NucC
B: E. coli MS115-1 NucC
C: E. coli MS115-1 NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5657
ポリマ－82,5296
非ポリマー351
水16,862936
1
A: E. coli MS115-1 NucC
C: E. coli MS115-1 NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC
C: E. coli MS115-1 NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: E. coli MS115-1 NucC
C: E. coli MS115-1 NucC
D: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,16515
ポリマ－165,05912
非ポリマー1063
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2
B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')

B: E. coli MS115-1 NucC
E: RNA (5'-R(P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,05912
ポリマ－165,05912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)131.781, 131.781, 252.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

21A-648-

HOH

31B-493-

HOH

41C-447-

HOH

51D-106-

HOH

61E-104-

HOH

71F-106-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E. coli MS115-1 NucC


分子量: 26896.377 Da / 分子数: 3 / 変異: D73N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
遺伝子: HMPREF9540_01761 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H5
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*A)-3')


分子量: 613.454 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17-24% PEG 3350, 0.1 M Na/K tartrate, and 25 mM Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→104.02 Å / Num. obs: 98697 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 4794 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.401 / Rrim(I) all: 0.924 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P7O

6p7o


解像度: 1.66→55.663 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 18.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 4840 4.91 %
Rwork0.1588 --
obs0.1601 98601 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→55.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5657 135 1 936 6729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0258172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2193494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6591-1.67790.29091460.26213033X-RAY DIFFRACTION96
1.6779-1.69770.29771800.25213082X-RAY DIFFRACTION99
1.6977-1.71840.26771690.24383118X-RAY DIFFRACTION100
1.7184-1.74010.26091620.24573126X-RAY DIFFRACTION100
1.7401-1.7630.27761670.24693114X-RAY DIFFRACTION100
1.763-1.78720.27351610.253093X-RAY DIFFRACTION99
1.7872-1.81270.25081790.23922995X-RAY DIFFRACTION96
1.8127-1.83980.27911700.23993124X-RAY DIFFRACTION99
1.8398-1.86850.23291650.2253114X-RAY DIFFRACTION100
1.8685-1.89920.25451510.20933137X-RAY DIFFRACTION100
1.8992-1.93190.24051560.19573166X-RAY DIFFRACTION100
1.9319-1.96710.22181590.17743155X-RAY DIFFRACTION100
1.9671-2.00490.20251870.17653079X-RAY DIFFRACTION100
2.0049-2.04580.21031660.16683128X-RAY DIFFRACTION100
2.0458-2.09030.18681510.16283159X-RAY DIFFRACTION100
2.0903-2.13890.20671520.16333155X-RAY DIFFRACTION100
2.1389-2.19240.18771460.15873166X-RAY DIFFRACTION100
2.1924-2.25170.18231900.1433107X-RAY DIFFRACTION100
2.2517-2.3180.17331480.14173192X-RAY DIFFRACTION100
2.318-2.39280.16531690.13563119X-RAY DIFFRACTION100
2.3928-2.47830.14861440.13643172X-RAY DIFFRACTION100
2.4783-2.57750.17671440.14122966X-RAY DIFFRACTION94
2.5775-2.69480.17341850.14633132X-RAY DIFFRACTION100
2.6948-2.83690.21410.14343174X-RAY DIFFRACTION100
2.8369-3.01460.18511500.14743165X-RAY DIFFRACTION99
3.0146-3.24740.16071560.14723185X-RAY DIFFRACTION99
3.2474-3.57410.14651730.13883141X-RAY DIFFRACTION99
3.5741-4.09120.15311600.1293164X-RAY DIFFRACTION99
4.0912-5.15390.12361540.12323063X-RAY DIFFRACTION95
5.1539-55.69410.20191590.17643237X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26130.19530.11170.24990.15510.19650.00840.0314-0.0278-0.0332-0.0011-0.0455-0.02230.0068-00.12670.00230.00890.1305-0.00150.148720.30160.489829.3789
20.43990.054-0.18080.1501-0.08330.17410.01020.0290.06580.00390.01050.0234-0.0142-0.0199-00.14690.0055-0.00130.14180.00370.130950.044-25.302525.1079
30.23030.10020.05810.46640.17740.2125-0.0075-0.0203-0.04570.05080.0209-0.0820.02870.0428-00.14780.0114-0.00590.15820.0050.14114.9478-13.645163.2795
40.0640.04360.00090.0455-0.00660.0018-0.01950.0577-0.00450.00060.0010.02220.0199-0.0121-0.03120.0835-0.01260.01510.0515-0.00040.06262.37990.158817.2803
50.02340.00820.00530.04630.0010.00170.0050.0164-0.0172-0.0326-0.0258-0.01860.01430.0151-0.00720.0795-0.0065-0.01070.07780.01850.059363.9459-36.655912.9794
60.02720.00270.00890.0192-0.01310.01-0.0053-0.05670.00060.01370.01770.03220.00020.00740.03030.1185-0.0171-0.0360.07550.00030.05671.7199-1.684175.5723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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