+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q1h | ||||||
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Title | Structure of P. aeruginosa ATCC27853 NucC, cAAA-bound form | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/RNA / Nuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
Function / homology | endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / nucleotide binding / metal ion binding / RNA / Endodeoxyribonuclease NucC / Uncharacterized protein ORF C62 Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Ye, Q. / Lau, R.K. / Corbett, K.D. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2020 Title: Structure and Mechanism of a Cyclic Trinucleotide-Activated Bacterial Endonuclease Mediating Bacteriophage Immunity. Authors: Lau, R.K. / Ye, Q. / Birkholz, E.A. / Berg, K.R. / Patel, L. / Mathews, I.T. / Watrous, J.D. / Ego, K. / Whiteley, A.T. / Lowey, B. / Mekalanos, J.J. / Kranzusch, P.J. / Jain, M. / Pogliano, J. / Corbett, K.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q1h.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q1h.ent.gz | 707.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q1h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6p7oSC 6p7pC 6p7qC 6uxfC 6uxgC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26688.146 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: D73N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: ORF C62 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8GQ48, UniProt: P0DTF8*PLUS #2: RNA chain | Mass: 942.660 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M L-proline, 10% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→100 Å / Num. obs: 293192 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 16.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 20.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.54 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.261 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 40591 / CC1/2: 0.499 / Rrim(I) all: 1.368 / % possible all: 83.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6P7O Resolution: 1.45→76.95 Å / SU ML: 0.1676 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.557 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→76.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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