[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6p66: The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6p66 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of the XPB complex with Bax1 from Archaeoglobus fulgidus at 3.0 Angstrom resolution | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / Helicase / nuclease / complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA nuclease activity / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / 3'-5' DNA helicase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | DuPrez, K.T. / Fan, L. / Hilario, E. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2020 Title: Structural basis of the XPB-Bax1 complex as a dynamic helicase-nuclease machinery for DNA repair. Authors: DuPrez, K. / He, F. / Chen, Z. / Hilario, E. / Fan, L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6p66.cif.gz | 694.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6p66.ent.gz | 565.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6p66.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p66 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 2fwrS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 53885.672 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: AF_0358 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Variant (production host): Rosetta (DE3) / References: UniProt: O29889 #2: Protein | Mass: 54808.516 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (archaea) Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: AF_0357 / Plasmid: pET15 / Details (production host): 6xHis removed / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: O29890 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1:1 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium acetate pH 4.8, 1.8 M sodium acetate) PH range: 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 12.3.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2015 / Details: Ni plated Invar mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→107.969 Å / Num. all: 52884 / Num. obs: 52884 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 182895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2FWR Resolution: 3→39.932 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.99
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 271.2 Å2 / Biso mean: 116.0327 Å2 / Biso min: 49.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→39.932 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|