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- PDB-6p4w: XPB helicase in a complex with truncated Bax1 from Sulfurisphaera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4w
タイトルXPB helicase in a complex with truncated Bax1 from Sulfurisphaera tokodaii at 2.96 Angstrom resolution
要素
  • DNA-dependent ATPase XPBII
  • Endonuclease Bax1
キーワードHYDROLASE/DNA BINDING PROTEIN / Helicase (ヘリカーゼ) / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...Protein of unknown function DUF790, endonuclease-like / Protein of unknown function (DUF790) / Xeroderma pigmentosum group B helicase, damage recognition domain / Xeroderma pigmentosum group B helicase damage recognition domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Endonuclease Bax1 / DNA-dependent ATPase XPBII
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.956 Å
データ登録者Fan, L. / He, F. / DuPrez, K.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108893 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: XPB helicase in a complex with truncated Bax1 from Sulfurisphaera tokodaii at 2.96 Angstrom resolution
著者: Fan, L. / He, F. / DuPrez, K.T.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,38928
ポリマ－190,3284
非ポリマー1,06124
水1,72996
1
A: DNA-dependent ATPase XPBII
B: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,73015
ポリマ－95,1642
非ポリマー56613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area39140 Å2
手法PISA
2
C: DNA-dependent ATPase XPBII
D: Endonuclease Bax1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,65913
ポリマ－95,1642
非ポリマー49511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area39470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.415, 101.369, 114.476
Angle α, β, γ (deg.)83.090, 81.150, 90.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA0 - 4341 - 435
21SERSERCC0 - 4341 - 435
12GLUGLUBB1 - 3722 - 373
22GLUGLUDD1 - 3722 - 373

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA-dependent ATPase XPBII


分子量: 50728.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: xpb2, ST1613, STK_16130 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Precision protease site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q970I2
#2: タンパク質 Endonuclease Bax1


分子量: 44435.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌)
株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: bax1, ST1614, STK_16140 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q970I1

-
非ポリマー , 5種, 120分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 % / 解説: Plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM Ammonium citrate, pH 7.5, 8% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月10日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 51223 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.577 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 179503
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-33.30.82225230.6320.5290.9820.43698.3
3-3.063.50.725760.680.4380.8290.45498.7
3.06-3.113.60.53425580.780.3320.6310.46498.5
3.11-3.183.50.44125110.840.2750.5220.44698.5
3.18-3.253.40.38625400.8580.2470.460.46298.7
3.25-3.323.50.32226090.9010.2020.3820.48798.8
3.32-3.413.60.25225080.9350.1530.2960.50898.7
3.41-3.53.60.20126190.9570.1230.2360.53499
3.5-3.63.60.17225160.9620.1070.2030.58699.1
3.6-3.723.50.14125670.9760.0870.1660.65199
3.72-3.853.30.11925360.9840.0770.1430.71599
3.85-43.50.10826010.9830.0680.1280.71599.2
4-4.193.50.09125480.9880.0570.1080.73199.3
4.19-4.413.40.0825560.9890.0510.0950.6799.2
4.41-4.683.70.07225870.9920.0440.0850.6899.3
4.68-5.043.60.06925910.9920.0430.0810.67999.3
5.04-5.553.40.07325480.9890.0460.0870.67599.5
5.55-6.353.50.07425870.990.0460.0870.61299.7
6.35-83.60.06325730.9940.0390.0740.64799.7
8-503.50.05325690.9960.0330.0620.36899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.36 Å49.21 Å
Translation6.36 Å49.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Coot0.8.8モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TNU

5tnu


解像度: 2.956→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.366 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 2513 4.9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1855 48672 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 237.99 Å2 / Biso mean: 77.683 Å2 / Biso min: 27.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20.03 Å2-0.04 Å2
2--0.15 Å2-0.08 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.956→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12904 0 42 96 13042
Biso mean--98.61 58.92 -
残基数----1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01213214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.63417877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77951619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.04322.199632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.045152411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5661576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029777
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A133760.13
12C133760.13
21B106500.15
22D106500.15
LS精密化 シェル解像度: 2.956→3.032 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 184 -
Rwork0.317 3200 -
all-3384 -
obs--89.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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