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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oze | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of human Endonuclease V (C140S/C225S/C226A/C228S) | ||||||
![]() | Endonuclease V![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Samara, N.L. / Yang, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase. 著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ozfC ![]() 6ozgC ![]() 6ozhC ![]() 6oziC ![]() 6ozjC ![]() 6ozkC ![]() 6ozlC ![]() 6ozmC ![]() 6oznC ![]() 6ozoC ![]() 6ozpC ![]() 6ozqC ![]() 6ozrC ![]() 6ozsC ![]() 2w35S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27157.359 Da / 分子数: 1 / 変異: C140S/C225S/C226A/C228S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8N8Q3, ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→24.73 Å / Num. obs: 47096 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 47096 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 2W35 解像度: 1.5→24.729 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 110.49 Å2 / Biso mean: 37.4917 Å2 / Biso min: 14.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→24.729 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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