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- PDB-6oza: Crystal structure of the phycocyanobilin-bound GAF domain from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oza
タイトルCrystal structure of the phycocyanobilin-bound GAF domain from a cyanobacterial phytochrome
要素Two-component sensor histidine kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / cyanobacterial phytochromes / photoreceptors (光受容体) / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GAF domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フィコシアノビリン / Two-component sensor histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Heewhan, S. / Xiaoli, Z. / Yafang, S. / Zhong, R. / Wolfgang, G. / Kai, H.Z. / Xiaojing, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01EY024363 米国
Other privateCBC C-086 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: The interplay between chromophore and protein determines the extended excited state dynamics in a single-domain phytochrome.
著者: Slavov, C. / Fischer, T. / Barnoy, A. / Shin, H. / Rao, A.G. / Wiebeler, C. / Zeng, X. / Sun, Y. / Xu, Q. / Gutt, A. / Zhao, K.H. / Gartner, W. / Yang, X. / Schapiro, I. / Wachtveitl, J.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component sensor histidine kinase
B: Two-component sensor histidine kinase
C: Two-component sensor histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8536
ポリマ－69,0873
非ポリマー1,7663
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.833, 78.833, 208.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Two-component sensor histidine kinase


分子量: 23029.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
遺伝子: all2699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YTL8
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate tribasic dihydrate. Crystal was grown in dark.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 747

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.002→48.744 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 1561 9.95 %
Rwork0.1922 --
obs0.1973 15687 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→48.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4272 0 129 55 4456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1426151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4841629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0024-3.09930.31511350.25991239X-RAY DIFFRACTION98
3.0993-3.210.33311430.26531256X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.33850.31381370.2441253X-RAY DIFFRACTION100
3.3385-3.49040.26841410.21461266X-RAY DIFFRACTION100
3.4904-3.67440.23471400.20681279X-RAY DIFFRACTION100
3.6744-3.90450.25881370.19391276X-RAY DIFFRACTION100
3.9045-4.20580.21671390.16931274X-RAY DIFFRACTION100
4.2058-4.62880.2231450.15481288X-RAY DIFFRACTION100
4.6288-5.29790.19491450.1531295X-RAY DIFFRACTION100
5.2979-6.67210.25831450.19731312X-RAY DIFFRACTION100
6.6721-48.75070.19541540.17011388X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.699-1.2225-2.01280.70290.72143.3389-0.0034-0.0525-0.21050.0358-0.0850.00930.07110.00020.08250.2383-0.0064-0.02790.22320.01380.32582.37837.974518.7747
24.09721.38191.98481.26220.85923.0172-0.0977-0.06430.18080.0179-0.01060.1545-0.0355-0.11560.0960.24690.00870.0050.22620.04310.349840.661819.690719.6439
30.9347-0.66310.04345.4943-2.26732.9225-0.0566-0.129-0.0461-0.02260.0254-0.09890.0124-0.00480.04020.2576-0.00540.01290.27510.0020.352732.0847-18.8617.8206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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