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- PDB-6oqa: Crystal structure of CEP250 bound to FKBP12 in the presence of FK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oqa
タイトルCrystal structure of CEP250 bound to FKBP12 in the presence of FK506-like novel natural product
要素
  • Centrosome-associated protein CEP250
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / ISOMERASE (異性化酵素) / FKBP12 / CEP250 / natural product (天然物化学) / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole-centriole cohesion / protein localization to organelle / detection of light stimulus involved in visual perception / regulation of centriole-centriole cohesion / : / macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / positive regulation of protein localization to centrosome / signaling receptor inhibitor activity ...centriole-centriole cohesion / protein localization to organelle / detection of light stimulus involved in visual perception / regulation of centriole-centriole cohesion / : / macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / positive regulation of protein localization to centrosome / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / non-motile cilium assembly / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / 微小管形成中心 / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / cilium assembly / photoreceptor outer segment / regulation of immune response / protein peptidyl-prolyl isomerization / supramolecular fiber organization / heart morphogenesis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / sarcoplasmic reticulum membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / T細胞 / 中心小体 / photoreceptor inner segment / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / 筋小胞体 / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein localization / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of protein localization / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / フォールディング / positive regulation of protein binding / mitotic cell cycle / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / amyloid fibril formation / protein domain specific binding / 中心体 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-60Z / マロン酸 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / Centrosome-associated protein CEP250
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, S.-J. / Shigdel, U.K. / Townson, S.A. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Genomic discovery of an evolutionarily programmed modality for small-molecule targeting of an intractable protein surface.
著者: Shigdel, U.K. / Lee, S.J. / Sowa, M.E. / Bowman, B.R. / Robison, K. / Zhou, M. / Pua, K.H. / Stiles, D.T. / Blodgett, J.A.V. / Udwary, D.W. / Rajczewski, A.T. / Mann, A.S. / Mostafavi, S. / ...著者: Shigdel, U.K. / Lee, S.J. / Sowa, M.E. / Bowman, B.R. / Robison, K. / Zhou, M. / Pua, K.H. / Stiles, D.T. / Blodgett, J.A.V. / Udwary, D.W. / Rajczewski, A.T. / Mann, A.S. / Mostafavi, S. / Hardy, T. / Arya, S. / Weng, Z. / Stewart, M. / Kenyon, K. / Morgenstern, J.P. / Pan, E. / Gray, D.C. / Pollock, R.M. / Fry, A.M. / Klausner, R.D. / Townson, S.A. / Verdine, G.L.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
C: Centrosome-associated protein CEP250
D: Centrosome-associated protein CEP250
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
G: Centrosome-associated protein CEP250
H: Centrosome-associated protein CEP250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,33050
ポリマ－93,5908
非ポリマー6,74042
水4,071226
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
C: Centrosome-associated protein CEP250
D: Centrosome-associated protein CEP250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,36335
ポリマ－46,7954
非ポリマー4,56831
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A
G: Centrosome-associated protein CEP250
H: Centrosome-associated protein CEP250
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,96815
ポリマ－46,7954
非ポリマー2,17311
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.832, 64.952, 136.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABEFCDGH

#1: タンパク質
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase


分子量: 11967.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ
#2: タンパク質
Centrosome-associated protein CEP250 / 250 kDa centrosomal protein / Cep250 / Centrosomal Nek2-associated protein 1 / C-Nap1 / Centrosomal protein 2


分子量: 11429.831 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 2078-2175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP250, CEP2, CNAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BV73

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非ポリマー , 9種, 268分子

#3: 化合物
ChemComp-60Z / (3R,4E,7E,10R,11S,12R,13S,16R,17R,24aS)-11,17-dihydroxy-10,12,16-trimethyl-3-[(2R)-1-phenylbutan-2-yl]-6,9,10,11,12,13,14,15,16,17,22,23,24,24a-tetradecahydro-3H-13,17-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohenicosine-1,18,19(21H)-trione


分子量: 609.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H51NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H4O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.2 M sodium malonate, 21% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→136.05 Å / Num. obs: 53422 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 5345 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→136.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.519 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.21
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 2723 5.1 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2102 50564 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.52 Å2 / Biso mean: 48.317 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å20 Å2-0.01 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→136.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6124 0 457 226 6807
Biso mean--61.4 51.86 -
残基数----767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.038709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.374311777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4745763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.59923.677291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.114151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0061563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021265
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 168 -
Rwork0.255 3309 -
all-3477 -
obs--90.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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