PDB-6oke: Crystal structure of an apo Transferrin-Receptor-Binding cystine-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6oke

タイトル

Crystal structure of an apo Transferrin-Receptor-Binding cystine-dense peptide

要素

Transferrin-Receptor Binding Peptide

キーワード

SIGNALING PROTEIN / alpha-helical hairpin / cystine-dense

生物種

Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: A TfR-Binding Cystine-Dense Peptide Promotes Blood-Brain Barrier Penetration of Bioactive Molecules.
著者: Crook, Z.R. / Girard, E. / Sevilla, G.P. / Merrill, M. / Friend, D. / Rupert, P.B. / Pakiam, F. / Nguyen, E. / Yin, C. / Ruff, R.O. / Hopping, G. / Strand, A.D. / Finton, K.A.K. / Coxon, M. / ...

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6oke.cif.gz	67.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6oke.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6oke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6oke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6oke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6okdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pls-4 6d74-d 2pls-3 6erj-1 2zkz-3 2pls-5 2p13-d 6flk-2 1umi-d 6fp9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Transferrin-Receptor Binding Peptide

A: Transferrin-Receptor Binding Peptide

B: Transferrin-Receptor Binding Peptide

D: Transferrin-Receptor Binding Peptide

23.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.656, 37.656, 190.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	A
1	2	C
2	2	B
1	3	C
2	3	D
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	D
1	6	B
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	C	9 - 47
2	1	A	9 - 47
1	2	C	5 - 48
2	2	B	5 - 48
1	3	C	5 - 47
2	3	D	5 - 47
1	4	A	9 - 47
2	4	B	9 - 47
1	5	A	9 - 47
2	5	D	9 - 47
1	6	B	5 - 47
2	6	D	5 - 47

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Transferrin-Receptor Binding Peptide 分子量: 5959.617 Da / 分子数: 4 / 変異: randomly mutated / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Monosiga brevicollis (立襟鞭毛虫) プラスミド: Daedalus system / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, Bis-tris, AmSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月13日 / 詳細: Osmic VariMax HF

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.585
1	1	-K, -H, -L	2	0.415

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 5016 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 1.103 / Net I/σ(I): 7.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.55-2.59	2.7	0.28	209	0.858	0.183	0.337	0.372	90.5
2.59-2.64	3.4	0.353	240	0.769	0.21	0.413	0.3	95.2
2.64-2.69	4.3	0.324	273	0.908	0.166	0.365	0.371	98.2
2.69-2.75	5.6	0.295	228	0.897	0.133	0.325	0.361	100
2.75-2.81	6.3	0.276	241	0.944	0.114	0.3	0.408	99.2
2.81-2.87	6.6	0.258	267	0.941	0.104	0.279	0.424	100
2.87-2.94	7.1	0.207	257	0.964	0.081	0.222	0.461	100
2.94-3.02	7.6	0.18	238	0.975	0.069	0.193	0.534	100
3.02-3.11	7.3	0.182	272	0.975	0.071	0.196	0.587	100
3.11-3.21	7.4	0.147	236	0.992	0.058	0.158	0.768	100
3.21-3.33	7.3	0.131	251	0.988	0.051	0.14	0.794	100
3.33-3.46	7.2	0.145	268	0.986	0.057	0.156	0.841	100
3.46-3.62	7.4	0.129	232	0.989	0.051	0.139	0.822	100
3.62-3.81	7.1	0.094	265	0.983	0.038	0.102	1.498	100
3.81-4.05	7.6	0.097	245	0.996	0.038	0.105	1.33	100
4.05-4.36	7.7	0.088	260	0.997	0.034	0.094	1.95	100
4.36-4.8	8.7	0.084	260	0.995	0.03	0.09	1.865	100
4.8-5.49	9.7	0.077	255	0.997	0.026	0.081	1.42	100
5.49-6.92	10	0.096	251	0.996	0.031	0.101	1.265	100
6.92-50	9.6	0.057	268	0.999	0.019	0.06	2.676	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→26.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 21.038 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Molecular replacement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2792	238	4.8 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.2237	4712	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.04 Å² / B_iso mean: 32.733 Å² / B_iso min: 8.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→26.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1126	0	0	24	1150
B_iso mean	-	-	-	30.23	-
残基数	-	-	-	-	151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.643	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.263	1.597	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.463	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.313	25.806	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.542	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.955	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	198

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	C	743	0.16
1	2	A	743	0.16
2	1	C	1013	0.14
2	2	B	1013	0.14
3	1	C	1005	0.14
3	2	D	1005	0.14
4	1	A	743	0.16
4	2	B	743	0.16
5	1	A	744	0.17
5	2	D	744	0.17
6	1	B	1014	0.09
6	2	D	1014	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.542→2.608 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	11	-
R_work	0.181	317	-
all	-	328	-
obs	-	-	90.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5173	-3.5396	-1.6209	7.6851	2.4326	2.8294	0.0038	0.0092	0.0111	0.0265	0.0664	-0.12	0.0741	0.1499	-0.0702	0.0764	0.0011	-0.0115	0.0521	0.0177	0.0159	3.917	2.154	10.508
2	5.7057	-1.594	-2.5996	4.0899	2.2488	5.5474	-0.0233	-0.5618	-0.0377	-0.1411	0.0969	0.0003	-0.1441	0.4239	-0.0737	0.1166	0.0185	-0.0355	0.1813	-0.0191	0.2091	21.102	-1.254	-4.971
3	5.1468	1.6163	-0.2099	2.5497	-0.9432	1.9684	-0.054	0.3998	-0.0993	-0.2867	0.1516	0.3859	0.2179	-0.1281	-0.0976	0.1421	-0.0211	0.0015	0.1726	-0.0087	0.1936	17.959	-2.361	-17.267
4	6.0741	0.5866	-1.1367	1.9198	0.8298	3.5793	-0.0904	0.2498	0.3315	-0.1274	0.0953	0.3379	0.1215	-0.4135	-0.0049	0.0868	0.0157	-0.0227	0.1849	0.0221	0.1354	0.474	2.53	-1.688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	5 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 50

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