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- PDB-2p13: Transporter associated domain CorC_HlyC from Nitrosomonas europaea -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p13 | ||||||
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Title | Transporter associated domain CorC_HlyC from Nitrosomonas europaea | ||||||
![]() | CBS domain![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of the transporter associated domain CorC_HlyC from Nitrosomonas europaea Authors: Kim, Y. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. THE BIOLOGICAL UNIT ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 50 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 39 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 10185.236 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CorC_HlyC Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ACY / | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.02 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 10% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 0.5% Ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 3, 2007 / Details: mirrors | |||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.65→42.8 Å / Num. all: 22388 / Num. obs: 22388 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 17.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.71 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2075 / % possible all: 94.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.636 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→42.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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