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Yorodumi- PDB-6oke: Crystal structure of an apo Transferrin-Receptor-Binding cystine-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oke | ||||||
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Title | Crystal structure of an apo Transferrin-Receptor-Binding cystine-dense peptide | ||||||
Components | Transferrin-Receptor Binding Peptide | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / alpha-helical hairpin / cystine-dense | ||||||
Biological species | Monosiga brevicollis (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Rupert, P.B. / Strong, R.K. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: A TfR-Binding Cystine-Dense Peptide Promotes Blood-Brain Barrier Penetration of Bioactive Molecules. Authors: Crook, Z.R. / Girard, E. / Sevilla, G.P. / Merrill, M. / Friend, D. / Rupert, P.B. / Pakiam, F. / Nguyen, E. / Yin, C. / Ruff, R.O. / Hopping, G. / Strand, A.D. / Finton, K.A.K. / Coxon, M. ...Authors: Crook, Z.R. / Girard, E. / Sevilla, G.P. / Merrill, M. / Friend, D. / Rupert, P.B. / Pakiam, F. / Nguyen, E. / Yin, C. / Ruff, R.O. / Hopping, G. / Strand, A.D. / Finton, K.A.K. / Coxon, M. / Mhyre, A.J. / Strong, R.K. / Olson, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6oke.cif.gz | 67.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6oke.ent.gz | 53.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6oke.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6oke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6oke | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 5959.617 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: randomly mutated Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Monosiga brevicollis (eukaryote) / Plasmid: Daedalus system / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 24.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 / Details: PEG 3350, Bis-tris, AmSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2019 / Details: Osmic VariMax HF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 5016 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55→26.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 21.038 / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.076 / Details: Molecular replacement
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.04 Å2 / Biso mean: 32.733 Å2 / Biso min: 8.67 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→26.89 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.542→2.608 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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