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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ogc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(2,3-F2Y), H148D; circular permutant (50-51) | ||||||
要素 | Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(2,3-F2Y), H148D; circular permutant (50-51) | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / GFP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.178 Å | ||||||
データ登録者 | Lin, C.-Y. / Boxer, S.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020 タイトル: Unusual Spectroscopic and Electric Field Sensitivity of Chromophores with Short Hydrogen Bonds: GFP and PYP as Model Systems. 著者: Lin, C.Y. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ogc.cif.gz | 220 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ogc.ent.gz | 175 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ogc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ogc_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ogc_full_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ogc_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ogc_validation.cif.gz | 41.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28096.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.98 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50 mM sodium acetate, pH 5.0, 100 mM NaCl, 7-8% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.178→36.5 Å / Num. obs: 134742 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 9.91 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04828 / Rpim(I) all: 0.01365 / Rrim(I) all: 0.05023 / Net I/σ(I): 29.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.178→1.221 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5514 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique obs: 11199 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.1726 / Rrim(I) all: 0.5796 / % possible all: 80.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4zf3 解像度: 1.178→36.5 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.178→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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