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万見
- PDB-6oga: Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oga
タイトルCrystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
要素Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / 酢酸塩 / 緑色蛍光タンパク質
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lin, C.-Y. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118044 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020
タイトル: Unusual Spectroscopic and Electric Field Sensitivity of Chromophores with Short Hydrogen Bonds: GFP and PYP as Model Systems.
著者: Lin, C.Y. / Boxer, S.G.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
B: Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7328
ポリマ－56,2782
非ポリマー4536
水6,233346
1
A: Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4745
ポリマ－28,1391
非ポリマー3354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2573
ポリマ－28,1391
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 68.600, 61.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Crystal structure of Green Fluorescent Protein (GFP); S65T, Y66(3-Br1Y), H148D; circular permutant (50-51)


分子量: 28139.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50 mM sodium acetate, pH 5.0, 100 mM NaCl, 7-8% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→34.3 Å / Num. obs: 54833 / % possible obs: 98.33 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 21.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07353 / Rpim(I) all: 0.03313 / Rrim(I) all: 0.08091 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 5471 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.4877 / Rrim(I) all: 1.199 / % possible all: 98.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zf3

4zf3


解像度: 1.6→34.3 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 2742 5 %
Rwork0.1612 --
obs0.1625 54826 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 30 346 3974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8665231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.822270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06581
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5999-1.62750.31781370.28132602X-RAY DIFFRACTION99
1.6275-1.65710.34061360.27012596X-RAY DIFFRACTION99
1.6571-1.6890.27371360.24842581X-RAY DIFFRACTION99
1.689-1.72350.28531380.23822609X-RAY DIFFRACTION98
1.7235-1.76090.25691370.23052604X-RAY DIFFRACTION98
1.7609-1.80190.26511340.22142553X-RAY DIFFRACTION97
1.8019-1.8470.26661350.21192555X-RAY DIFFRACTION97
1.847-1.89690.21651370.20032606X-RAY DIFFRACTION99
1.8969-1.95270.21971380.17232619X-RAY DIFFRACTION99
1.9527-2.01570.17891370.1532614X-RAY DIFFRACTION99
2.0157-2.08780.18341360.15162590X-RAY DIFFRACTION98
2.0878-2.17130.19211350.14852563X-RAY DIFFRACTION97
2.1713-2.27010.18441370.15252591X-RAY DIFFRACTION98
2.2701-2.38980.16821380.1562619X-RAY DIFFRACTION99
2.3898-2.53950.18621380.15482636X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.73550.17051380.15582604X-RAY DIFFRACTION98
2.7355-3.01060.17931360.15542589X-RAY DIFFRACTION98
3.0106-3.44590.16011400.14072669X-RAY DIFFRACTION99
3.4459-4.34010.14661370.13532600X-RAY DIFFRACTION98
4.3401-34.30790.17821420.15582684X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25570.0258-0.07011.2122-0.00180.6752-0.03340.03240.0331-0.00130.0104-0.04530.03260.02170.02550.21530.01010.00230.161-0.00480.16296.263410.55940.7922
21.72640.0003-0.43711.3655-0.51492.0774-0.1064-0.2565-0.07140.02640.0323-0.08710.09040.22770.04890.18260.01290.00940.1980.00270.141612.813621.654528.5516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:242 )A1 - 242
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:243 )B2 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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