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万見
- PDB-6obt: Structural insights into dehydratase substrate selection for the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6obt
タイトルStructural insights into dehydratase substrate selection for the borrelidin and fluvirucin polyketide synthases
要素Borrelidin polyketide synthase, type I
キーワードLYASE (リアーゼ) / Polyketide (ポリケチド) / Dehydratase (脱水酵素) / Borrelidin / Fluvirucin
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A ...Polyketide synthase dehydratase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Phosphopantetheine attachment site / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Borrelidin polyketide synthase, type I
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces parvulus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Barajas, J.F. / Pereira, J.H. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: J Ind Microbiol Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into dehydratase substrate selection for the borrelidin and fluvirucin polyketide synthases.
著者: Barajas, J.F. / McAndrew, R.P. / Thompson, M.G. / Backman, T.W.H. / Pang, B. / de Rond, T. / Pereira, J.H. / Benites, V.T. / Martin, H.G. / Baidoo, E.E.K. / Hillson, N.J. / Adams, P.D. / Keasling, J.D.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Borrelidin polyketide synthase, type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7581
ポリマ－33,7581
非ポリマー00
水86548
1
A: Borrelidin polyketide synthase, type I

A: Borrelidin polyketide synthase, type I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5152
ポリマ－67,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1990 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.210, 63.350, 40.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Borrelidin polyketide synthase, type I


分子量: 33757.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces parvulus (バクテリア)
遺伝子: borA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70I00
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.20 M MgCl2, 0.10 M Tris pH 8.5, and 29% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.9 Å / Num. obs: 24737 / % possible obs: 96.2 % / Biso Wilson estimate: 33.27 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15rc3_3435精密化
PHENIX1.15rc3_3435精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LN9

4ln9


解像度: 1.8→30.89 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1245 5.04 %
Rwork0.203 --
obs-24725 98.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 56.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 463 48 2080
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3775 130 -
Rwork0.3636 2595 -
obs--97.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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