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- PDB-6obr: PP1 Y134A in complex with Microcystin LR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6obr
タイトルPP1 Y134A in complex with Microcystin LR
要素
  • Microcystin LRMicrocystin-LR
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
キーワードHYDROLASE/TOXIN / phosphatase (ホスファターゼ) / HYDROLASE-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / myosin phosphatase activity ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / myosin phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / ribonucleoprotein complex binding / 脱リン酸化 / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / response to lead ion / 接着結合 / circadian regulation of gene expression / lung development / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / perikaryon / 樹状突起スパイン / 細胞周期 / 細胞分裂 / glutamatergic synapse / 核小体 / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like ...Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microcystin LR / : / : / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Microcystis aeruginosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Choy, M.S. / Moon, T.M. / Bray, J.A. / Archuleta, T.L. / Shi, W. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: SDS22 selectively recognizes and traps metal-deficient inactive PP1.
著者: Choy, M.S. / Moon, T.M. / Ravindran, R. / Bray, J.A. / Robinson, L.C. / Archuleta, T.L. / Shi, W. / Peti, W. / Tatchell, K. / Page, R.
履歴
登録2019年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Microcystin LR
E: Microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,45910
ポリマ－70,1694
非ポリマー2916
水6,287349
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2305
ポリマ－35,0842
非ポリマー1453
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
E: Microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2305
ポリマ－35,0842
非ポリマー1453
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.932, 76.550, 131.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A / protein phosphatase 1


分子量: 34070.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-300 / 変異: Y134A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Microcystin LR / Microcystin-LR / Microcystin-LR


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド / クラス: 毒素毒素 / 分子量: 1014.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microcystis aeruginosa (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00109, Microcystin LR
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG6000, 1 M lithium chloride, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→38.28 Å / Num. obs: 105369 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.127 / Num. unique obs: 5069 / CC1/2: 0.691

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MOV

4mov


解像度: 1.5→38.275 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2101 5395 5.13 %
Rwork0.1878 --
obs0.1889 105245 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 0 148 349 5118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9176792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5921835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4988-1.51590.33791710.313159X-RAY DIFFRACTION96
1.5159-1.53370.31711550.28093280X-RAY DIFFRACTION100
1.5337-1.55240.30541870.2763310X-RAY DIFFRACTION100
1.5524-1.57210.2811540.26463325X-RAY DIFFRACTION100
1.5721-1.59280.27151490.25393353X-RAY DIFFRACTION100
1.5928-1.61460.25631790.24063249X-RAY DIFFRACTION100
1.6146-1.63760.23771780.23823315X-RAY DIFFRACTION100
1.6376-1.66210.28091680.24063329X-RAY DIFFRACTION100
1.6621-1.68810.27671900.24393243X-RAY DIFFRACTION100
1.6881-1.71570.26331690.2383305X-RAY DIFFRACTION100
1.7157-1.74530.26661840.23183319X-RAY DIFFRACTION100
1.7453-1.7770.27571830.22613312X-RAY DIFFRACTION100
1.777-1.81120.24531770.22393296X-RAY DIFFRACTION100
1.8112-1.84820.2621990.22273299X-RAY DIFFRACTION100
1.8482-1.88840.2541700.22733308X-RAY DIFFRACTION100
1.8884-1.93230.26431960.22043301X-RAY DIFFRACTION100
1.9323-1.98060.23591810.21233333X-RAY DIFFRACTION100
1.9806-2.03420.22061640.20253328X-RAY DIFFRACTION100
2.0342-2.0940.21872020.19743309X-RAY DIFFRACTION100
2.094-2.16160.22011770.19643325X-RAY DIFFRACTION100
2.1616-2.23890.21361850.19413324X-RAY DIFFRACTION100
2.2389-2.32850.23251830.19113348X-RAY DIFFRACTION100
2.3285-2.43450.21941910.18953318X-RAY DIFFRACTION100
2.4345-2.56280.20871780.18463348X-RAY DIFFRACTION100
2.5628-2.72330.20091940.1893350X-RAY DIFFRACTION100
2.7233-2.93350.18871950.18473348X-RAY DIFFRACTION100
2.9335-3.22860.2221590.17623408X-RAY DIFFRACTION100
3.2286-3.69540.16951850.16473396X-RAY DIFFRACTION100
3.6954-4.65460.16171990.14553414X-RAY DIFFRACTION100
4.6546-38.28750.19581930.16663598X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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