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- PDB-6ob3: Crystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ob3
タイトルCrystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1)
要素
  • GTPase KRas
  • Neurofibromin
キーワードSIGNALING PROTEIN/GTP Binding / KRAS (KRAS) / RAS / KRAS4b / NF1 / GAP / Neurofibromin / G13D / SIGNALING PROTEIN-GTP Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process ...positive regulation of mast cell apoptotic process / negative regulation of Rac protein signal transduction / regulation of glial cell differentiation / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / observational learning / Schwann cell migration / negative regulation of Schwann cell migration / vascular associated smooth muscle cell migration / amygdala development / mast cell apoptotic process / negative regulation of mast cell proliferation / Schwann cell proliferation / vascular associated smooth muscle cell proliferation / mast cell proliferation / glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of cell-matrix adhesion / forebrain morphogenesis / negative regulation of neurotransmitter secretion / hair follicle maturation / cell communication / regulation of blood vessel endothelial cell migration / camera-type eye morphogenesis / smooth muscle tissue development / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / sympathetic nervous system development / myelination in peripheral nervous system / myeloid leukocyte migration / phosphatidylcholine binding / peripheral nervous system development / phosphatidylethanolamine binding / metanephros development / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of Ras protein signal transduction / collagen fibril organization / regulation of bone resorption / regulation of long-term synaptic potentiation / neural tube development / endothelial cell proliferation / forebrain astrocyte development / 顔料 / artery morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of MAPK cascade / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / adrenal gland development / negative regulation of protein import into nucleus / type I pneumocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / spinal cord development / regulation of GTPase activity / Rac protein signal transduction / oligodendrocyte differentiation / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / negative regulation of astrocyte differentiation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuroblast proliferation / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / glial cell proliferation / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / regulation of angiogenesis / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of glial cell proliferation / skeletal muscle tissue development / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Rho GTPase activation protein / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase KRas / Neurofibromin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tran, T.H. / Dharmaiah, S. / Simanshu, D.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: KRAS G13D sensitivity to neurofibromin-mediated GTP hydrolysis.
著者: Rabara, D. / Tran, T.H. / Dharmaiah, S. / Stephens, R.M. / McCormick, F. / Simanshu, D.K. / Holderfield, M.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: Neurofibromin
C: GTPase KRas
D: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,43316
ポリマ－97,2574
非ポリマー2,17612
水5,639313
1
A: GTPase KRas
B: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8329
ポリマ－48,6292
非ポリマー1,2037
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: GTPase KRas
D: Neurofibromin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6017
ポリマ－48,6292
非ポリマー9725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.677, 97.169, 155.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...
21(chain C and (resid 1 through 93 or resid 95 through 117 or resid 119 through 166))
12(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...
22(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA1 - 302 - 31
121GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA3132
131GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA0 - 1691 - 170
141GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA0 - 1691 - 170
151GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA0 - 1691 - 170
161GLYGLYLYSLYS(chain A and (resid 1 through 30 or (resid 31...AA0 - 1691 - 170
211METMETILEILE(chain C and (resid 1 through 93 or resid 95 through 117 or resid 119 through 166))CC1 - 932 - 94
221HISHISLYSLYS(chain C and (resid 1 through 93 or resid 95 through 117 or resid 119 through 166))CC95 - 11796 - 118
231ASPASPHISHIS(chain C and (resid 1 through 93 or resid 95 through 117 or resid 119 through 166))CC119 - 166120 - 167
112GLYGLYALAALA(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB1219 - 126812 - 61
122ASPASPASPASP(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB126962
132GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB1219 - 146312 - 256
142GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB1219 - 146312 - 256
152GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB1219 - 146312 - 256
162GLYGLYSERSER(chain B and (resid 1219 through 1268 or (resid 1269...BB1219 - 146312 - 256
212GLYGLYMETMET(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1219 - 128512 - 78
222PHEPHESERSER(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1287 - 131280 - 105
232ASPASPVALVAL(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1313 - 1317106 - 110
242ASPASPSERSER(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1217 - 146310 - 256
252ASPASPSERSER(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1217 - 146310 - 256
262ASPASPSERSER(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1217 - 146310 - 256
272ASPASPSERSER(chain D and (resid 1219 through 1285 or resid 1287...DD1217 - 146310 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19386.848 Da / 分子数: 2 / 変異: G13D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01116
#2: タンパク質 Neurofibromin / / Neurofibromatosis-related protein NF-1


分子量: 29241.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NF1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P21359

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0 and 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→97.169 Å / Num. obs: 72838 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.811 % / Biso Wilson estimate: 49.658 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.158 / Net I/σ(I): 17.26 / Num. measured all: 350416
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.234.8850.6792.68115520.8910.76298.9
2.23-2.384.6010.3994.19109590.9510.45199.7
2.38-2.575.0940.2696.42102550.9780.3100
2.57-2.814.9660.1649.7394430.990.18399.9
2.81-3.154.8670.09115.8885910.9960.10299.9
3.15-3.634.5570.04727.0875560.9980.05399.4
3.63-4.454.8780.03142.4864860.9990.03499.9
4.45-6.284.6460.02647.5650690.9990.02999.5
6.28-97.1694.4390.01956.23292710.02199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OB2

6ob2


解像度: 2.1→77.763 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.18
詳細: Based on various parameters, the authors decided to cut-off the resolution to 2.10 Ang, and that value was used for calculating data collection statistics and for the structure refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 1779 2.45 %
Rwork0.186 --
obs0.1869 72678 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.75 Å2 / Biso mean: 57.5982 Å2 / Biso min: 29.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→77.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6576 0 129 313 7018
Biso mean--69.45 60.23 -
残基数----828
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1499X-RAY DIFFRACTION12.411TORSIONAL
12C1499X-RAY DIFFRACTION12.411TORSIONAL
21B2149X-RAY DIFFRACTION12.411TORSIONAL
22D2149X-RAY DIFFRACTION12.411TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15680.39261360.322554145550100
2.1568-2.22030.33691330.296653565489100
2.2203-2.29190.341350.275338547399
2.2919-2.37390.32091350.247753865521100
2.3739-2.46890.27751360.227954305566100
2.4689-2.58130.26731370.213754025539100
2.5813-2.71740.28511360.211154505586100
2.7174-2.88760.27981370.214854455582100
2.8876-3.11060.2541370.214454445581100
3.1106-3.42360.21331360.19315438557499
3.4236-3.9190.2241380.17155145652100
3.919-4.93740.17671390.139655415680100
4.9374-77.81580.17221440.15555741588599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.8414 Å / Origin y: -12.7081 Å / Origin z: -19.4087 Å
111213212223313233
T0.2786 Å20.0204 Å2-0.0032 Å2-0.5463 Å20.0102 Å2--0.2802 Å2
L0.3915 °20.295 °2-0.1613 °2-0.7205 °2-0.2577 °2--0.3438 °2
S-0.0306 Å °0.1179 Å °0.0002 Å °-0.0472 Å °-0.0163 Å °-0.1056 Å °-0.0219 Å °0.0125 Å °0.0529 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1allB1219 - 1463
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 166
4X-RAY DIFFRACTION1allD1217 - 1463
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 328
6X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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