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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6oaw | ||||||
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Title | Crystal structure of a CRISPR Cas-related protein | ||||||
![]() | WYL1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Dong, C. / Li, L. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the modulatory role of the accessory protein WYL1 in the Type VI-D CRISPR-Cas system. Authors: Zhang, H. / Dong, C. / Li, L. / Wasney, G.A. / Min, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 310.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 263 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 45994.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-UNX / #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.93 % / Mosaicity: 0.17 ° |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M ammonium acetate, 0.015 M magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate, 10% v/v 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 7, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→47.65 Å / Num. obs: 59861 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.371 / Num. unique obs: 4627 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.569 / Rrim(I) all: 1.487 / % possible all: 98.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.69 Å2 / Biso mean: 46.952 Å2 / Biso min: 24.04 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→39.5 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 11393 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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