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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o8m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of C9S apo Sulfide-responsive transcriptional repressor (SqrR) from Rhodobacter capsulated bound to diamide (tetramethylazodicarboxamide). | ||||||
要素 | Transcriptional regulator, ArsR familyTranscriptional regulation | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / sulfide sensor / reactive sulfur species / photosynthesis regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | ||||||
データ登録者 | Capdevila, D.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Structural basis for persulfide-sensing specificity in a transcriptional regulator. 著者: Capdevila, D.A. / Walsh, B.J.C. / Zhang, Y. / Dietrich, C. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: Structural determinants of persulfide-sensing specificity in a dithiol-based transcriptional regulator 著者: Capdevila, D.A. / Walsh, B.J.C. / Zhang, Y. / Dietrich, C.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Giedroc, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o8m.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o8m.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/6o8m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12311.889 Da / 分子数: 1 / 変異: C9S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5AT91 |
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#2: 化合物 | ChemComp-LSY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystallization buffer : sodium citrate 1.8 M pH=6.4, Protein buffer: 20 mM Tris pH=8, 200 mM NaCl, 2mM EDTA, SqrR 6 mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.000031 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→52.82 Å / Num. obs: 17998 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 33.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.55 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.944 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2546 / CC1/2: 0.875 / Rpim(I) all: 0.273 / Rrim(I) all: 0.984 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PQK 解像度: 1.46→40.278 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→40.278 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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