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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o1z | ||||||
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タイトル | Structure of pCW3 conjugation coupling protein TcpA hexagonal crystal form | ||||||
要素 | DNA translocase coupling protein | ||||||
キーワード | TRANSLOCASE (輸送酵素) / ATPase (ATPアーゼ) / Conjugation | ||||||
機能・相同性 | FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / DNA binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / Probable DNA translocase coupling protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Traore, D.A.K. / Ahktar, N. / Torres, V.T. / Adams, V. / Coulibaly, F. / Panjikar, S. / Caradoc-Davies, T.T. / Rood, J.I. / Whisstock, J.C. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of pCW3 conjugation coupling protein TcpA 著者: Traore, D.A.K. / Whisstock, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o1z.cif.gz | 157.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o1z.ent.gz | 125.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o1z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41166.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: tcpA, pCW3_0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1PLI0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M NaCitrate pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→46.98 Å / Num. obs: 9949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 89.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 138765 / Scaling rejects: 101 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6O1X 解像度: 3.1→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.457
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原子変位パラメータ | Biso max: 205.16 Å2 / Biso mean: 115.29 Å2 / Biso min: 60.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→46.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.6463 Å / Origin y: 32.0675 Å / Origin z: 32.488 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |