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- PDB-6o0j: M.tb MenD with ThDP and Inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o0j
タイトルM.tb MenD with ThDP and Inhibitor bound
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / menaquinone biosynthesis / ThDP dependent / decarboxylation / C-C bond ligation / Inhibitor complex (酵素阻害剤) / SEPHCHC synthase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / 1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid / ギ酸 / チアミンピロリン酸 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Bashiri, G. / Bulloch, E.M.M. / Jirgis, E.M.N. / Nigon, L.V. / Chuang, H. / Ho, N.A.T. / Baker, E.N.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New Zealand ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Allosteric regulation of menaquinone (vitamin K2) biosynthesis in the human pathogenMycobacterium tuberculosis.
著者: Bashiri, G. / Nigon, L.V. / Jirgis, E.N.M. / Ho, N.A.T. / Stanborough, T. / Dawes, S.S. / Baker, E.N. / Bulloch, E.M.M. / Johnston, J.M.
履歴
登録2019年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,49120
ポリマ－240,2764
非ポリマー2,21516
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24470 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area66880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.553, 143.673, 176.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 60068.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: menD, Rv0555
発現宿主: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WK11, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase

-
非ポリマー , 7種, 487分子

#2: 化合物
ChemComp-DNA / 1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid / 1,4-dihydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトエ酸


分子量: 204.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略) / チアミンピロリン酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: MORPH condition, HEPES/MOPS, PEG 4K, CA mix, glycerol,

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.81 Å / Num. obs: 107806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.29 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.35-2.39154.34952800.3561.1584.501100
12.87-48.8111.70.0337570.9990.010.03498.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ESU

5esu


解像度: 2.35→48.789 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 5372 4.99 %
Rwork0.2055 --
obs0.2077 107622 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.6 Å2 / Biso mean: 57.3125 Å2 / Biso min: 25.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→48.789 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15265 0 147 471 15883
Biso mean--46 48.11 -
残基数----2119
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.37670.40371930.360933523545100
2.3767-2.40470.36071760.334633473523100
2.4047-2.4340.36181800.329233543534100
2.434-2.46480.37561880.326133903578100
2.4648-2.49720.37821780.333733643542100
2.4972-2.53140.36831730.314833663539100
2.5314-2.56760.36511640.293833823546100
2.5676-2.60590.33991850.285634093594100
2.6059-2.64660.32491900.283133463536100
2.6466-2.690.36541600.278533623522100
2.69-2.73640.32451920.26834003592100
2.7364-2.78620.35321480.263233903538100
2.7862-2.83980.31051750.260434353610100
2.8398-2.89770.31791810.259133493530100
2.8977-2.96070.3191820.253433943576100
2.9607-3.02960.31821760.252833843560100
3.0296-3.10530.31731820.248333733555100
3.1053-3.18930.29521770.242234273604100
3.1893-3.28310.29021900.231933833573100
3.2831-3.3890.26231930.213334093602100
3.389-3.51010.23491790.199133993578100
3.5101-3.65060.22951920.191733663558100
3.6506-3.81670.22621690.186234603629100
3.8167-4.01790.22171940.179433993593100
4.0179-4.26950.22791740.166934263600100
4.2695-4.59890.18791550.146434823637100
4.5989-5.06120.18581740.149934613635100
5.0612-5.79260.1991850.168234653650100
5.7926-7.29420.19991740.168135403714100
7.2942-48.79960.1771930.15573636382999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9380.25010.44211.45510.27661.1390.033-0.1306-0.21710.1687-0.08550.09830.2238-0.12150.05370.3483-0.05330.08030.35380.02070.3757-6.06-13.977-4.19
22.4153-2.1938-1.48013.95912.71112.0088-0.1346-0.25730.01570.8471-0.0240.13630.2579-0.08030.1680.5463-0.03690.0870.4576-0.04220.309-5.04611.55223.721
32.6395-2.4816-2.25023.1522.96952.72820.1139-0.220.41370.2234-0.0263-0.0424-0.0787-0.0433-0.09690.4797-0.0110.08720.4473-0.05640.4255-5.13517.53322.785
42.4482-0.1645-0.17892.12141.37123.1272-0.089-0.4030.16560.4489-0.12350.39690.1579-0.45880.18860.4-0.050.1930.6294-0.11840.5175-25.1312.58711.928
50.43020.27560.71951.21391.31381.8971-0.0565-0.44690.49070.218-0.36160.4807-0.1087-0.68570.49280.47050.06850.07710.8468-0.26570.9781-33.5459.2917.565
61.18520.7074-0.31391.5011-0.15011.7903-0.06090.0809-0.1918-0.08960.0005-0.19190.10560.23060.04980.30220.02280.07380.32910.01640.378320.242-5.7-24.387
72.6611-0.08040.98363.09440.37133.00680.01040.116-0.3514-0.3289-0.0113-0.13140.27950.05050.02410.2965-0.01160.12690.295-0.01440.328110.109-11.58-30.228
81.6815-0.15150.46752.2398-0.86441.0211-0.02440.17890.1384-0.48680.017-0.1451-0.23450.07630.0040.6053-0.05220.10310.41320.04180.339822.23822.358-38.141
95.36043.3321-5.37165.1996-3.33595.35681.4941.01651.00660.68930.2817-0.5559-0.3374-0.6911-1.69110.7756-0.0018-0.05720.73840.06040.749337.00923.5-13.589
100.6265-0.5116-0.02414.6898-1.24970.672-0.0242-0.06140.0113-0.211-0.1906-0.665-0.10980.31910.23020.4749-0.1130.10640.60480.06340.733141.93421.147-30.675
112.4792-0.6621-0.00821.36421.13372.62470.0152-0.11270.5825-0.10410.0323-0.2432-0.57580.3419-0.03860.4072-0.09330.00060.4148-0.00080.455821.93616.25-2.028
126.7698-7.96341.12339.4012-1.31730.19460.32810.74340.69090.1815-0.4057-0.8079-0.75850.31440.03220.65720.01290.00970.6695-0.00190.63729.85515.304-16.214
133.7508-0.42940.21245.28781.64154.7702-0.0851-0.30080.82230.2299-0.12430.0908-0.5461-0.02960.20140.3177-0.0376-0.00270.3554-0.04380.457310.55618.366.426
141.68070.0604-0.47141.577-0.45121.4779-0.0223-0.2565-0.19340.2815-0.058-0.43990.15550.36690.0740.35210.0794-0.08940.4210.06740.494330.316-11.14.906
150.5852-0.2930.2951.9131-0.23841.6441-0.0468-0.1951-0.10220.0049-0.0444-0.59620.11570.54280.0830.33990.08860.06920.61470.08410.778743.102-8.603-11.482
162.55510.7998-0.27094.1169-1.10962.09430.118-0.03960.61730.2889-0.10110.4285-0.5954-0.25270.0150.37540.05730.00760.3539-0.05230.4822-15.21517.101-17.707
171.26373.352.39919.57986.92974.98440.2923-0.48710.4699-0.17390.1789-0.3739-0.3806-0.6545-0.41840.55630.0103-0.01560.6002-0.01360.6937-2.05113.672-4.436
183.1494-0.63070.08716.3768-0.44914.6317-0.0025-0.00170.6787-0.3772-0.2530.1217-0.5304-0.03690.2260.33820.0193-0.01310.28590.03390.394-4.35422.817-25.109
192.3740.0739-0.60261.49480.49321.141-0.06330.5068-0.2255-0.4624-0.1150.3294-0.0454-0.35350.17290.5228-0.0249-0.14440.4956-0.09080.3435-16.595-11.069-39.328
201.8130.2273-0.20752.7835-0.48561.6192-0.0010.09740.1607-0.168-0.08060.68720.0087-0.48920.07370.3129-0.0237-0.04460.4976-0.13610.5625-30.022-4.976-20.887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:208 )A1 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 209:277 )A209 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 278:343 )A278 - 343
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 344:472 )A344 - 472
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 488:554 )A488 - 554
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 1:129 )B1 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 130:215 )B130 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 216:468 )B216 - 468
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 469:498 )B469 - 498
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 499:554 )B499 - 554
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 3:109 )C3 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 110:127 )C110 - 127
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 128:210 )C128 - 210
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 211:476 )C211 - 476
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 477:554 )C477 - 554
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 3:108 )D3 - 108
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 109:127 )D109 - 127
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 128:210 )D128 - 210
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 211:387 )D211 - 387
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 388:554 )D388 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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