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万見
- PDB-6nee: Crystal structure of a reconstructed ancestor of Triosephosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nee
タイトルCrystal structure of a reconstructed ancestor of Triosephosphate isomerase from eukaryotes
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Glycolisis / TIM Barrel (TIMバレル) / Ancestral sequence reconstruction
機能・相同性Aldolase class I / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Schulte-Sasse, M. / Fernandez-Velasco, D.A.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Structural, thermodynamic and catalytic characterization of an ancestral triosephosphate isomerase reveal early evolutionary coupling between monomer association and function.
著者: Schulte-Sasse, M. / Pardo-Avila, F. / Pulido-Mayoral, N.O. / Vazquez-Lobo, A. / Costas, M. / Garcia-Hernandez, E. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4194
ポリマ－55,0772
非ポリマー3422
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.020, 48.772, 71.205
Angle α, β, γ (deg.)91.28, 100.14, 118.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / トリオースリン酸イソメラーゼ


分子量: 27538.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28 b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: トリオースリン酸イソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / ホスホグリコロヒドロキサム酸


分子量: 171.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPS pH 7.5, 20% PEG 8000. Protein concentration 6 mg/mL in 10 mM Triethanolamine pH 7.6, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 50 mM NaCl, 10 mM PGH

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Ambient temp details: oxford cryosystem / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月29日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.472 Å / Num. obs: 37060 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2648 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3290: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I9E

2i9e


解像度: 1.9→38.423 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 1871 5.05 %
Rwork0.1625 --
obs0.1646 37057 94.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 20 427 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.965343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.233286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.95140.27761500.21592643X-RAY DIFFRACTION91
1.9514-2.00880.26011170.20982600X-RAY DIFFRACTION92
2.0088-2.07360.27711230.22643X-RAY DIFFRACTION92
2.0736-2.14780.23351370.18182703X-RAY DIFFRACTION93
2.1478-2.23370.24711460.1732657X-RAY DIFFRACTION93
2.2337-2.33540.22951360.17112647X-RAY DIFFRACTION94
2.3354-2.45850.20711510.16942704X-RAY DIFFRACTION95
2.4585-2.61250.23291430.17512735X-RAY DIFFRACTION95
2.6125-2.81420.2541360.18172744X-RAY DIFFRACTION96
2.8142-3.09720.25681700.17262737X-RAY DIFFRACTION96
3.0972-3.54510.18061270.15642794X-RAY DIFFRACTION97
3.5451-4.46540.15741810.13042770X-RAY DIFFRACTION98
4.4654-38.43050.14391540.14292809X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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