[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6nd7: The crystal structure of TerB co-crystallized with polyporic acid -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nd7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of TerB co-crystallized with polyporic acid | |||||||||
Components | TerB Oxidoreductase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / NADPH reductase / natural products | |||||||||
Function / homology | NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-KJG / Chem-NDP / TerB Oxidoreductase Function and homology information | |||||||||
Biological species | Streptomyces (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.36 Å | |||||||||
Authors | Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure and Function of Terfestatin Biosynthesis Enzymes TerB and TerC Authors: Clinger, J.A. / Elshahawi, S.I. / Zhang, Y. / Hall, R.P. / Liu, Y. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nd7.cif.gz | 410.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6nd7.ent.gz | 342.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nd7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6nd7_validation.pdf.gz | 1022.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6nd7_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 6nd7_validation.xml.gz | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6nd7_validation.cif.gz | 51.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36590.211 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces (bacteria) / Strain: Streptomyces sp LC 6-2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A3B6UEU0*PLUS |
---|
-Non-polymers , 5 types, 796 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-IPA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 1:1 6mg/mL TerB protein 3mM polyporic acid in 33% isopropyl to 25% PEG 3350, 200 mM NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5. Cryoprotected with 20% glycerol addition to mother liquor |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.033, 1.319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.25→47.422 Å / Num. obs: 292990 / % possible obs: 82.9 % / Redundancy: 2.08 % / Biso Wilson estimate: 23.158 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 7.93 / Num. measured all: 609294 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: SIRAS |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.36→47.422 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 15.04
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.69 Å2 / Biso mean: 23.9414 Å2 / Biso min: 9.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.36→47.422 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|