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Yorodumi- PDB-5c37: Structure of the beta-ketoacyl reductase domain of human fatty ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c37 | ||||||
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Title | Structure of the beta-ketoacyl reductase domain of human fatty acid synthase bound to a spiro-imidazolone inhibitor | ||||||
Components | Fatty acid synthase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE Inhibitor / fatty acid synthase / inhibitor / beta-ketoacyl reductase / cancer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / ether lipid biosynthetic process / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development ...fatty-acid synthase system / (3R)-3-hydroxybutanoyl-[acyl-carrier-protein] hydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / ether lipid biosynthetic process / (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / glandular epithelial cell development / : / glycogen granule / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / modulation by host of viral process / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Schubert, C. / Milligan, C.M. / Vo, K. / Grasberger, B. | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Design and Synthesis of a Series of Bioavailable Fatty Acid Synthase (FASN) KR Domain Inhibitors for Cancer Therapy Authors: Lu, T. / Schubert, C. / Cummings, M.D. / Bignan, G. / Connolly, P. / Smans, K. / Ludovici, D. / Parker, M. / Meyer, C. / Rocaboy, C. / Alexander, R. / Grasberger, B. / De Breucker, S. / ...Authors: Lu, T. / Schubert, C. / Cummings, M.D. / Bignan, G. / Connolly, P. / Smans, K. / Ludovici, D. / Parker, M. / Meyer, C. / Rocaboy, C. / Alexander, R. / Grasberger, B. / De Breucker, S. / Esser, N. / Fraiponts, E. / Gilissen, R. / Janssens, B. / Peeters, D. / Van Nuffel, L. / Vermeulen, P. / Bischoff, J. / Meerpoel, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c37.cif.gz | 690 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c37.ent.gz | 579.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c37.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/5c37 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2vz9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 72049.234 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: PsiME/PsiKR/KR Tri-Domain (UNP residues 1108-1523, 1877-2122) Mutation: F1880G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FASN, FAS / Plasmid: Bacmagic 2 / Cell (production host): SF9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3- ...References: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system, [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase |
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-Non-polymers , 5 types, 243 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: PEG3350, Tris, KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→47 Å / Num. obs: 56916 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.132 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 13.89 / Num. measured all: 191546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VZ9 Resolution: 2.3→47 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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