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- PDB-6n9t: Structure of a peptide-based photo-affinity cross-linker with Her... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9t
タイトルStructure of a peptide-based photo-affinity cross-linker with Herceptin Fc
要素
  • Immunoglobulin G1 FC
  • Photo-affinity peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Crosslinking / antibody (抗体) / photo-reactive
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein DKFZp686C11235
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.576 Å
データ登録者Sadowsky, J. / Ultsch, M. / Vance, N. / Wang, W.
引用ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2019
タイトル: Development, Optimization, and Structural Characterization of an Efficient Peptide-Based Photoaffinity Cross-Linking Reaction for Generation of Homogeneous Conjugates from Wild-Type Antibodies.
著者: Vance, N. / Zacharias, N. / Ultsch, M. / Li, G. / Fourie, A. / Liu, P. / LaFrance-Vanasse, J. / Ernst, J.A. / Sandoval, W. / Kozak, K.R. / Phillips, G. / Wang, W. / Sadowsky, J.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G1 FC
E: Photo-affinity peptide
B: Immunoglobulin G1 FC
F: Photo-affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3716
ポリマ－53,8514
非ポリマー2,5202
水3,063170
1
A: Immunoglobulin G1 FC
E: Photo-affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1863
ポリマ－26,9252
非ポリマー1,2601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
2
B: Immunoglobulin G1 FC
F: Photo-affinity peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1863
ポリマ－26,9252
非ポリマー1,2601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.112, 60.850, 68.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin G1 FC


分子量: 25239.570 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 249-472 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MZV7
#2: タンパク質・ペプチド Photo-affinity peptide


分子量: 1685.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100mM sodium acetate pH=5.6, 12%(w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.576→50 Å / Num. obs: 31910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.576→2.585 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12-2829)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.576→44.224 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 31.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 1650 5.17 %
Rwork0.2289 --
obs0.2309 31910 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.576→44.224 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 170 170 3894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5855234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0542313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5759-2.65170.4291410.34122517X-RAY DIFFRACTION97
2.6517-2.73730.4681190.30892515X-RAY DIFFRACTION97
2.7373-2.83510.36811180.2722557X-RAY DIFFRACTION98
2.8351-2.94860.34631550.26912510X-RAY DIFFRACTION98
2.9486-3.08270.33651270.2652522X-RAY DIFFRACTION97
3.0827-3.24520.32651310.2552506X-RAY DIFFRACTION97
3.2452-3.44850.28681400.2292500X-RAY DIFFRACTION97
3.4485-3.71460.26771670.21832478X-RAY DIFFRACTION97
3.7146-4.08820.24351520.22062553X-RAY DIFFRACTION99
4.0882-4.67920.20521340.19712543X-RAY DIFFRACTION98
4.6792-5.89310.18961490.19042496X-RAY DIFFRACTION97
5.8931-44.23030.21331170.2042563X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63540.38150.13741.8121-0.16762.1031-0.10010.24330.11270.0130.0943-0.0375-0.09010.328400.3425-0.03650.0030.46260.08210.4539-25.1958-4.3651125.1856
21.64730.21630.35032.00040.38711.33620.1263-0.1404-0.06720.4711-0.28250.31390.147-0.14990.00010.4474-0.04360.050.37180.01270.3809-21.83734.4239155.4806
31.4930.3127-0.23061.2549-0.02181.9834-0.01690.198-0.0229-0.07040.0633-0.02490.0018-0.3044-00.3491-0.0455-0.01060.4277-0.0920.3611-3.692428.6562125.2701
42.36741.4478-0.23042.6631-0.14621.42630.2537-0.34050.00160.5595-0.367-0.3622-0.10570.1568-0.00050.4412-0.041-0.03330.42560.03540.3775-7.001119.9017155.5278
50.01240.06320.01620.4853-0.01620.21190.0825-0.0303-0.0150.0227-0.0313-0.0202-0.0191-0.0705-00.35660.00350.01210.2427-0.0050.2464-13.646113.2429135.2087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 237:340 )A237 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 341:441 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1:13 )A341 - 441
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 341:441 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1:13 )E1 - 13
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 237:340 )B237 - 340
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 341:441 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:13 )B341 - 441
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 341:441 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1:13 )F1 - 13
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:677 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:689 ) OR ( CHAIN E AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:103 )A601 - 677
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:677 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:689 ) OR ( CHAIN E AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:103 )B601 - 689
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:677 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:689 ) OR ( CHAIN E AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:103 )E101
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 601:677 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:689 ) OR ( CHAIN E AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 101:103 )F101 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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