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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n9a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thermotoga maritima threonylcarbamoyladenosine biosynthesis complex TsaB2D2E2 bound to ATP and carboxy-AMP | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Threonylcarbamoyl transfer complex / t6A biosynthesis / tRNA modification | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Swairjo, M.A. / Stec, B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: Conformational communication mediates the reset step in t6A biosynthesis. 著者: Luthra, A. / Paranagama, N. / Swinehart, W. / Bayooz, S. / Phan, P. / Quach, V. / Schiffer, J.M. / Stec, B. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n9a.cif.gz | 315.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n9a.ent.gz | 249.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n9a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2a6aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-TRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein ... , 2種, 2分子 BE
#1: タンパク質 | 分子量: 23461.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: tsaB, TM_0874, Tmari_0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZX7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 18678.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM_1632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1W7 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 D
#2: タンパク質 | 分子量: 36015.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: tsaD, gcp, TM_0145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WXZ2, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase |
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-非ポリマー , 8種, 167分子
#4: 化合物 | ChemComp-PGE / |
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#5: 化合物 | ChemComp-AE3 / |
#6: 化合物 | ChemComp-KG4 / |
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#8: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#9: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
#11: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 uL sample solution containing 3.1 mg/mL protein, 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl, 1 mM ATP and 0.1 mM MgCl2 with 2 uL reservoir solution containing 8% polyethylene glycol (PEG) 400, 100 mM ...詳細: 2 uL sample solution containing 3.1 mg/mL protein, 50 mM Tris (pH 7.5), 50 mM NaCl, 1 mM ATP and 0.1 mM MgCl2 with 2 uL reservoir solution containing 8% polyethylene glycol (PEG) 400, 100 mM KCl, 50 mM MES (pH 6.0) and 0.8 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.19499 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→107.43 Å / Num. obs: 36821 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2A6A 解像度: 2.5→42.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 23.429 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.243 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.982 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→42.94 Å
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拘束条件 |
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