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- PDB-6n4i: Structural basis of Nav1.7 inhibition by a gating-modifier spider... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4i
タイトルStructural basis of Nav1.7 inhibition by a gating-modifier spider toxin
要素
  • Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
  • Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein
キーワードMETAL TRANSPORT / sodium channel (ナトリウムチャネル) / toxin (毒素) / gating-modifier / voltage-gated (電位依存性イオンチャネル)
機能・相同性calcium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / Chem-6OU / Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Thrixopelma pruriens (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.541 Å
データ登録者Xu, H. / Koth, C.M. / Payandeh, J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nav1.7 Inhibition by a Gating-Modifier Spider Toxin.
著者: Hui Xu / Tianbo Li / Alexis Rohou / Christopher P Arthur / Foteini Tzakoniati / Evera Wong / Alberto Estevez / Christine Kugel / Yvonne Franke / Jun Chen / Claudio Ciferri / David H Hackos / ...著者: Hui Xu / Tianbo Li / Alexis Rohou / Christopher P Arthur / Foteini Tzakoniati / Evera Wong / Alberto Estevez / Christine Kugel / Yvonne Franke / Jun Chen / Claudio Ciferri / David H Hackos / Christopher M Koth / Jian Payandeh /
要旨: Voltage-gated sodium (Nav) channels are targets of disease mutations, toxins, and therapeutic drugs. Despite recent advances, the structural basis of voltage sensing, electromechanical coupling, and ...Voltage-gated sodium (Nav) channels are targets of disease mutations, toxins, and therapeutic drugs. Despite recent advances, the structural basis of voltage sensing, electromechanical coupling, and toxin modulation remains ill-defined. Protoxin-II (ProTx2) from the Peruvian green velvet tarantula is an inhibitor cystine-knot peptide and selective antagonist of the human Nav1.7 channel. Here, we visualize ProTx2 in complex with voltage-sensor domain II (VSD2) from Nav1.7 using X-ray crystallography and cryoelectron microscopy. Membrane partitioning orients ProTx2 for unfettered access to VSD2, where ProTx2 interrogates distinct features of the Nav1.7 receptor site. ProTx2 positions two basic residues into the extracellular vestibule to antagonize S4 gating-charge movement through an electrostatic mechanism. ProTx2 has trapped activated and deactivated states of VSD2, revealing a remarkable ∼10 Å translation of the S4 helix, providing a structural framework for activation gating in voltage-gated ion channels. Finally, our results deliver key templates to design selective Nav channel antagonists.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct.title
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein
B: Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein
C: Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein
D: Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein
E: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
F: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
G: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
H: Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,66124
ポリマ－149,1738
非ポリマー11,48816
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18970 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area52740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.220, 123.530, 123.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Nav1.7 VSD2-NavAb channel chimera protein


分子量: 33453.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: タンパク質・ペプチド
Beta/omega-theraphotoxin-Tp2a / Beta/omega-TRTX-Tp2a / ProTx-II / PT-II / Protoxin-2 / ProTx2


分子量: 3839.687 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thrixopelma pruriens (クモ) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P83476
#3: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE


分子量: 717.996 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3-2.6M Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.0; 30% sucrose for cryo
PH範囲: 4.6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 479752 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10.43
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 35190 / CC1/2: 0.756 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2747: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EK0

5ek0


解像度: 3.541→36.892 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2942 1373 4.98 %
Rwork0.2745 --
obs0.2755 27544 81.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.541→36.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8312 0 317 0 8629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85411969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6495071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5409-3.66730.3372200.3568322X-RAY DIFFRACTION10
3.6673-3.8140.2972480.31011146X-RAY DIFFRACTION36
3.814-3.98740.30941180.2912317X-RAY DIFFRACTION72
3.9874-4.19740.30721390.28343102X-RAY DIFFRACTION97
4.1974-4.45990.28871660.26273194X-RAY DIFFRACTION100
4.4599-4.80360.29711960.24763192X-RAY DIFFRACTION100
4.8036-5.28570.27481940.24483194X-RAY DIFFRACTION100
5.2857-6.04770.29051430.31213237X-RAY DIFFRACTION100
6.0477-7.60850.31891630.343221X-RAY DIFFRACTION100
7.6085-36.89360.28671860.25063246X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 99.0797 Å / Origin y: 248.6897 Å / Origin z: 216.8423 Å
111213212223313233
T0.1316 Å2-0.027 Å2-0.0514 Å2-0.2093 Å2-0.0129 Å2--0.1567 Å2
L0.7162 °2-0.2847 °2-0.0014 °2-0.7802 °2-0.0588 °2--0.7156 °2
S-0.1976 Å °-0.0779 Å °-0.1558 Å °-0.0204 Å °0.2219 Å °-0.0585 Å °-0.1775 Å °0.1176 Å °0.0079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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