PDB-6n0n: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0n

タイトル

Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ574

要素

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) /

Hydrolase (加水分解酵素) / fragment based drug design / anti-cancer drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 /

exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair /

single-stranded DNA binding /

double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle /

DNA修復 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.477 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0n.cif.gz	390.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0n.ent.gz	316.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n0oC 6n0rC 1jy1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n0r-2 6dji-1 6dhu-2 6n0o-2 6n0r-1 6mz0-1 6n17-2 6w7l-2 6dih-1 6djh-2 6mz0-2 6dim-2 6djj-2 6dji-2 6djj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.927, 105.202, 193.743
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-KAY / 4-methylbenzene-1,2-dicarboxylic acid / 4-メチルフタル酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₈O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.477→50 Å / Num. obs: 171042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.071 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 38.3
反射シェル	解像度: 1.477→1.51 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8405 / CC_1/2: 0.834 / R_pim(I) all: 0.285 / R_rim(I) all: 0.724 / R_sym value: 0.663 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JY1

1jy1

解像度: 1.477→36.979 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	2000	1.17 %
R_work	0.1634	-	-
obs	0.1635	170920	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.477→36.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6998	0	54	869	7921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	10353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.409	4359
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4767-1.5136	0.2458	134	0.2205	11375	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5136-1.5546	0.1905	142	0.1995	11925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5546-1.6003	0.2013	142	0.1897	12006	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6003-1.652	0.1885	142	0.1759	11988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.652-1.711	0.164	142	0.171	12042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.711-1.7795	0.2067	143	0.1675	12041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7795-1.8605	0.1921	142	0.1634	12028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8605-1.9586	0.1881	143	0.1664	12041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9586-2.0813	0.1836	144	0.1639	12137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0813-2.242	0.1714	143	0.1615	12071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.242-2.4675	0.1717	144	0.1674	12153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4675-2.8245	0.2062	144	0.1721	12201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8245-3.5581	0.1648	146	0.163	12328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5581-36.9905	0.1538	149	0.1469	12584	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4594	-0.1054	-0.5764	0.9322	-0.369	2.2089	-0.0408	-0.2213	-0.1382	0.0577	-0.1334	-0.1896	0.1993	0.4469	0.1052	0.1807	0.031	-0.008	0.2683	0.1074	0.1977	13.6186	-11.2792	-6.9509
2	1.2979	0.5015	-1.3968	1.2484	-1.1844	4.1427	-0.1312	0.0041	-0.1591	-0.1419	-0.101	-0.1896	0.2486	0.2552	0.2299	0.1328	0.0067	0.0091	0.1804	0.0629	0.1827	10.1287	-9.5612	-19.4104
3	1.1407	-0.0638	-0.5734	0.5624	-0.1097	2.374	0.0957	0.1067	0.2322	-0.0379	-0.0821	-0.0485	-0.4502	0.06	0.0125	0.2273	-0.0457	-0.0229	0.1733	0.0706	0.2095	6.1749	7.5004	-17.682
4	0.8125	-0.0798	-0.3312	0.3111	-0.3274	2.1639	0.0178	-0.063	0.1594	0.0915	-0.0115	-0.0336	-0.3453	-0.1069	-0.0135	0.2031	-0.008	-0.0187	0.1679	0.0174	0.1798	-2.3184	4.4402	-5.074
5	1.1531	-0.3283	0.3861	0.516	-0.9198	3.7928	-0.0414	-0.0281	0.0178	0.062	0.0201	0.0312	0.0339	-0.2853	-0.0075	0.1432	-0.0169	0.0029	0.2242	0.0063	0.1824	-8.5152	-2.2694	-0.8129
6	1.3128	0.2213	-0.3024	1.1456	-0.5223	1.4151	-0.1004	0.199	-0.0933	-0.0963	0.0662	0.0826	0.1386	-0.24	0.0228	0.1598	-0.039	0.0018	0.16	-0.0089	0.1454	1.7845	0.063	-61.2031
7	1.2526	0.0654	-0.3974	0.784	-0.0187	2.591	-0.0978	-0.017	-0.2197	0.0276	-0.0095	0.0742	0.2406	-0.2161	0.0916	0.1297	-0.0088	0.024	0.1005	0.0095	0.1674	5.287	-3.4362	-48.9956
8	1.5022	0.447	-0.026	0.9073	-0.1908	1.5447	0.0312	-0.1318	0.0938	0.1239	-0.0068	0.079	-0.1714	-0.1331	-0.0258	0.1417	0.0257	0.026	0.1247	0.0179	0.1398	1.4728	8.2203	-42.8701
9	1.3995	0.1558	-0.7132	0.8556	-0.1692	1.5802	0.0581	-0.1781	0.1837	0.1517	-0.0773	-0.0431	-0.3169	0.2003	0.018	0.199	-0.028	-0.0067	0.1402	0.0047	0.1846	21.7206	18.4128	-51.0938
10	0.9443	-0.0456	-0.4078	0.238	-0.0431	1.0928	0.0533	0.0395	0.1016	-0.0035	-0.0267	-0.0015	-0.2142	-0.0074	0.0008	0.1662	0.0056	0.0099	0.1018	0.0192	0.1597	16.7314	15.3947	-54.584
11	1.5779	0.0653	-0.3907	0.2895	-0.0463	3.1425	0.0579	0.0925	-0.0256	-0.1399	-0.0708	-0.03	0.0569	0.135	0.0332	0.139	0.0001	0.0006	0.1441	0.0201	0.1882	24.0194	10.6325	-63.1272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 285 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 286 through 318 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 319 through 436 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 437 through 548 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 549 through 607 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 162 through 285 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 286 through 318 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 319 through 382 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 383 through 452 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 453 through 548 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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