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- PDB-6n0n: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n0n
タイトルCrystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with compound XZ574
要素Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / fragment based drug design / anti-cancer drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methylbenzene-1,2-dicarboxylic acid / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.477 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Tdp1 catalytic domain
著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,08011
ポリマ-104,2532
非ポリマー8279
15,655869
1
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5095
ポリマ-52,1261
非ポリマー3824
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5716
ポリマ-52,1261
非ポリマー4445
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.927, 105.202, 193.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / Tyr-DNA phosphodiesterase 1


分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-KAY / 4-methylbenzene-1,2-dicarboxylic acid / 4-メチルフタル酸


分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C9H8O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.477→50 Å / Num. obs: 171042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 38.3
反射 シェル解像度: 1.477→1.51 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8405 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.285 / Rrim(I) all: 0.724 / Rsym value: 0.663 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JY1
解像度: 1.477→36.979 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 2000 1.17 %
Rwork0.1634 --
obs0.1635 170920 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.477→36.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6998 0 54 869 7921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8510353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4094359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4767-1.51360.24581340.220511375X-RAY DIFFRACTION95
1.5136-1.55460.19051420.199511925X-RAY DIFFRACTION100
1.5546-1.60030.20131420.189712006X-RAY DIFFRACTION100
1.6003-1.6520.18851420.175911988X-RAY DIFFRACTION100
1.652-1.7110.1641420.17112042X-RAY DIFFRACTION100
1.711-1.77950.20671430.167512041X-RAY DIFFRACTION100
1.7795-1.86050.19211420.163412028X-RAY DIFFRACTION100
1.8605-1.95860.18811430.166412041X-RAY DIFFRACTION100
1.9586-2.08130.18361440.163912137X-RAY DIFFRACTION100
2.0813-2.2420.17141430.161512071X-RAY DIFFRACTION100
2.242-2.46750.17171440.167412153X-RAY DIFFRACTION100
2.4675-2.82450.20621440.172112201X-RAY DIFFRACTION100
2.8245-3.55810.16481460.16312328X-RAY DIFFRACTION100
3.5581-36.99050.15381490.146912584X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4594-0.1054-0.57640.9322-0.3692.2089-0.0408-0.2213-0.13820.0577-0.1334-0.18960.19930.44690.10520.18070.031-0.0080.26830.10740.197713.6186-11.2792-6.9509
21.29790.5015-1.39681.2484-1.18444.1427-0.13120.0041-0.1591-0.1419-0.101-0.18960.24860.25520.22990.13280.00670.00910.18040.06290.182710.1287-9.5612-19.4104
31.1407-0.0638-0.57340.5624-0.10972.3740.09570.10670.2322-0.0379-0.0821-0.0485-0.45020.060.01250.2273-0.0457-0.02290.17330.07060.20956.17497.5004-17.682
40.8125-0.0798-0.33120.3111-0.32742.16390.0178-0.0630.15940.0915-0.0115-0.0336-0.3453-0.1069-0.01350.2031-0.008-0.01870.16790.01740.1798-2.31844.4402-5.074
51.1531-0.32830.38610.516-0.91983.7928-0.0414-0.02810.01780.0620.02010.03120.0339-0.2853-0.00750.1432-0.01690.00290.22420.00630.1824-8.5152-2.2694-0.8129
61.31280.2213-0.30241.1456-0.52231.4151-0.10040.199-0.0933-0.09630.06620.08260.1386-0.240.02280.1598-0.0390.00180.16-0.00890.14541.78450.063-61.2031
71.25260.0654-0.39740.784-0.01872.591-0.0978-0.017-0.21970.0276-0.00950.07420.2406-0.21610.09160.1297-0.00880.0240.10050.00950.16745.287-3.4362-48.9956
81.50220.447-0.0260.9073-0.19081.54470.0312-0.13180.09380.1239-0.00680.079-0.1714-0.1331-0.02580.14170.02570.0260.12470.01790.13981.47288.2203-42.8701
91.39950.1558-0.71320.8556-0.16921.58020.0581-0.17810.18370.1517-0.0773-0.0431-0.31690.20030.0180.199-0.028-0.00670.14020.00470.184621.720618.4128-51.0938
100.9443-0.0456-0.40780.238-0.04311.09280.05330.03950.1016-0.0035-0.0267-0.0015-0.2142-0.00740.00080.16620.00560.00990.10180.01920.159716.731415.3947-54.584
111.57790.0653-0.39070.2895-0.04633.14250.05790.0925-0.0256-0.1399-0.0708-0.030.05690.1350.03320.1390.00010.00060.14410.02010.188224.019410.6325-63.1272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 285 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 286 through 318 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 319 through 436 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 437 through 548 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 549 through 607 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 162 through 285 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 286 through 318 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 319 through 382 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 383 through 452 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 453 through 548 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 549 through 607 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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