+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mw7 | ||||||
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Title | Crystal structure of ATPase module of SMCHD1 bound to ATP | ||||||
Components | Structural maintenance of chromosomes flexible hinge domain-containing protein 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GHKL-ATPase / epigenetic repressor / Bosma arhinia microphthalmia / fascioscapulohumeral muscular dystrophy type 2 | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / : / : / nose development / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; In phosphorus-containing anhydrides / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair ...: / : / : / nose development / Barr body / dosage compensation by inactivation of X chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; In phosphorus-containing anhydrides / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of DNA repair / double-strand break repair / site of double-strand break / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.194 Å | ||||||
Authors | Pedersen, L.C. / Inoue, K. / Kim, S. / Perera, L. / Shaw, N.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2019 Title: A ubiquitin-like domain is required for stabilizing the N-terminal ATPase module of human SMCHD1. Authors: Pedersen, L.C. / Inoue, K. / Kim, S. / Perera, L. / Shaw, N.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mw7.cif.gz | 841 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mw7.ent.gz | 719.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mw7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 65246.504 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 24-580 / Mutation: E147A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SMCHD1, KIAA0650 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) References: UniProt: A6NHR9, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; In phosphorus-containing anhydrides |
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-Non-polymers , 5 types, 937 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25 mM Bis Tris Propane pH 6.8, 50mM Ammonium sulfate, 5% glycerol, 7.5% PEG 8000, 5mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 153427 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 9.1 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 4.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6560 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.287 / Rsym value: 0.799 / % possible all: 84.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.194→47.785 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.194→47.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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