PDB-6mn3: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mn3

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-IVa, apoenzyme

要素

Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY /

ACETYLTRANSFERASE /

AMINOGLYCOSIDE (アミノグリコシド系抗生物質) /

ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) /

COENZYME A (補酵素A) / AAC(3)-IVA / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / NIAID

機能・相同性

aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Wawrzak, Z. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700060C	米国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.

履歴

登録	2018年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年4月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mn3.cif.gz	218.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mn3.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ht0C 6mmzC 6mn0C 6mn4C 6mn5C 7kesC 7laoC 7lapC 3smaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mn4-1 6mn5-5 6mn4-5 6mn5-4 6mn4-2 6mn4-3 7ax4-2 6mn5-6 1t7m-d 6bc4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96427

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa

ヘテロ分子

56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.170, 55.327, 94.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase, AAC(3)-IVa 分子量: 28124.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_ ...遺伝子: aacC4, aac(3), aac(3)-IV, aac(3)IV, B9T59_28975, BEN53_26235, BJJ90_27515, BK373_27930, BK400_28640, BVL39_27730, BZL31_07055, BZL69_29365, C5P01_27985, C7235_00480, CR538_26885, CWS33_26775, CXB56_01995, DK267_24825, DK268_23980, DK278_24785, DK279_23955, DK288_24810, DK289_23980, pEC012_00026 プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold 参照: UniProt: Q306W4, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 22593 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9.98
反射シェル	解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 1154 / CC_1/2: 0.524 / R_pim(I) all: 0.572 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3092: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SMA

3sma

解像度: 2.4→29.769 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2215	1123	5 %	RANDOM
R_work	0.1762	-	-	-
obs	0.1785	22452	98.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3920	0	6	247	4173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	5490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.449	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	729

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.5092	0.3255	140	0.264	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5092-2.6414	0.3034	141	0.2421	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6414-2.8068	0.2713	140	0.2246	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8068-3.0233	0.2681	140	0.2163	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0233-3.3272	0.2438	137	0.1912	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3272-3.8078	0.2027	138	0.1503	2607	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8078-4.7942	0.1671	140	0.126	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7942-29.7709	0.1837	147	0.1587	2777	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6181	-0.3851	0.6177	4.1852	-2.8901	6.1839	0.0267	0.0532	-0.0657	-0.542	0.0009	0.0481	0.3932	-0.0119	-0.0613	0.2129	0.0025	-0.0212	0.2233	-0.0402	0.2194	-43.1903	-15.8746	71.1902
2	1.7652	1.5957	0.8386	3.5712	-0.3198	2.4302	-0.3756	0.649	0.0487	-1.6912	0.1859	-0.3514	0.5272	0.0901	0.1192	0.9417	-0.0198	0.1053	0.5289	-0.0081	0.3366	-36.9797	-9.0703	53.5607
3	0.4411	0.7982	-0.1788	1.5062	-0.6058	0.1781	-0.706	-0.0242	-1.4147	-1.1261	0.3913	-0.7331	0.9292	0.0088	0.4477	1.6031	0.1328	0.5021	1.1131	0.0469	0.9321	-27.3348	-8.404	44.4418
4	0.5981	0.5078	-0.1423	3.1234	-1.1269	3.1989	-0.0582	-0.0146	-0.0713	-0.472	-0.3563	-0.9608	-0.3315	0.8921	0.2096	0.3692	-0.0426	0.0994	0.5519	0.1124	0.4887	-25.4944	-0.138	64.9792
5	9.4243	-3.2978	-4.7464	6.4759	3.2674	3.1956	0.1509	-0.5978	0.5173	0.2475	-0.0503	0.0869	-0.2987	0.2886	-0.174	0.3186	0.0063	-0.0812	0.2108	-0.046	0.2507	-6.4165	41.4819	98.1349
6	5.1265	-0.0466	-3.0761	1.924	0.2038	6.406	0.0639	0.1014	0.4103	0.0422	-0.0818	0.0703	-0.2813	-0.3292	0.0053	0.1604	0.0104	-0.0541	0.1583	-0.0091	0.2552	-8.7691	36.5772	89.0028
7	4.1704	0.7831	1.2583	5.2019	0.6428	3.3	0.1	0.2446	-0.3361	-0.2766	-0.0279	0.3023	0.2605	-0.251	-0.045	0.2204	0.0007	-0.0099	0.2717	-0.0072	0.2806	-14.6629	27.2277	76.9184
8	1.8282	-0.2258	0.7255	2.2828	-0.0715	1.7346	0.2423	0.2988	-0.2686	-0.1537	-0.1753	0.2711	0.1232	-0.2043	-0.0673	0.2014	0.0237	-0.0157	0.2639	-0.0238	0.3413	-6.4613	18.0881	79.6077
9	6.3414	-0.5149	2.4352	1.7943	2.5648	4.6884	0.0559	0.7537	-0.8548	-0.1373	0.2233	0.6837	-0.5514	0.2813	-0.3389	0.4433	-0.1291	-0.1243	0.3912	0.0554	0.7659	-18.0219	11.2387	75.5871
10	1.2755	-1.5681	-0.7782	5.3301	3.2577	2.3172	0.0179	-0.0683	-0.095	0.3529	0.0791	-0.213	0.232	0.1788	-0.1275	0.1621	-0.0044	-0.0259	0.2311	0.0195	0.2722	3.309	20.9549	90.225
11	6.8233	3.4383	-3.4996	5.8929	0.6434	9.0768	-0.0817	-0.2162	-0.5728	0.5035	0.0948	0.41	1.1611	-0.7941	-0.0607	0.4273	-0.0642	-0.0151	0.3808	0.1101	0.5292	-6.4568	2.5326	89.3453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 61 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 172 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 173 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 257 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 18 through 52 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 53 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 129 through 174 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 175 through 190 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 191 through 234 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 235 through 257 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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