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- PDB-6mn2: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn2
タイトルCrystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, mutant H168A in abortive complex with sisomicin-CoA
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE (アミノグリコシド系抗生物質) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / METAGENOME (メタゲノミクス) / SOIL / COENZYME A (補酵素A) / sisomicin / CSGID / TRANSFERASE (転移酵素) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SIS / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.744 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Michalska, K. / Xu, Z. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, mutant H168A in abortive complex with sisomicin-CoA
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,15312
ポリマ－57,3092
非ポリマー2,84510
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.755, 127.755, 95.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase


分子量: 28654.350 Da / 分子数: 2 / 変異: H168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

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非ポリマー , 6種, 130分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-SIS / (1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-diamino-3-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-hydroxycyclohexyl 3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranoside / Sisomicin / シソマイシン / Sisomicin


分子量: 447.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37N5O7 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8K, 10 mM sisomicin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 23797 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 2.209 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1183 / CC1/2: 0.708 / Rpim(I) all: 0.626 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HT0

5ht0


解像度: 2.744→29.204 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 2267 5.01 %RANDOM
Rwork0.2492 ---
obs0.2503 45290 99.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.744→29.204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3987 0 180 120 4287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0865813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.3731597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7443-2.8040.38311400.36412674X-RAY DIFFRACTION99
2.804-2.86910.36971420.36942723X-RAY DIFFRACTION100
2.8691-2.94080.40221440.3572679X-RAY DIFFRACTION100
2.9408-3.02030.35121380.33892657X-RAY DIFFRACTION100
3.0203-3.1090.3211500.31542729X-RAY DIFFRACTION100
3.109-3.20930.31951420.30142676X-RAY DIFFRACTION100
3.2093-3.32380.3321380.29312715X-RAY DIFFRACTION100
3.3238-3.45670.27011440.29832702X-RAY DIFFRACTION100
3.4567-3.61370.31861340.28662672X-RAY DIFFRACTION100
3.6137-3.80390.30291450.29572669X-RAY DIFFRACTION99
3.8039-4.04160.27341310.27032640X-RAY DIFFRACTION98
4.0416-4.35280.23251440.19772699X-RAY DIFFRACTION100
4.3528-4.78910.19781370.18092709X-RAY DIFFRACTION100
4.7891-5.47810.22571430.17532713X-RAY DIFFRACTION100
5.4781-6.88690.20331460.1922673X-RAY DIFFRACTION100
6.8869-29.20520.20031490.17962693X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4025-1.35270.5666.0951-0.05184.13840.01730.07650.0703-0.2384-0.0834-0.30620.23910.09450.05890.1423-0.0326-0.00730.29150.00740.2237211.8635277.0982-0.9842
26.3821-0.84081.60890.93410.93874.4593-0.23360.5590.42020.56440.3178-0.2041-0.9704-1.2057-0.13580.32350.08930.10670.56930.19320.4974181.9772288.48292.2252
33.28090.83220.030.29890.08143.253-0.0265-0.2172-0.05920.09740.11270.1491-0.2145-0.3598-0.08320.21820.01750.03450.27350.05980.2932194.5652276.92995.5635
45.13290.19840.31460.69690.5082.98730.2203-0.7850.50880.2199-0.03750.0196-0.3106-0.1926-0.17320.3278-0.02680.05620.31850.01440.381196.5888283.698616.8132
51.67650.8518-0.49764.1770.36063.5018-0.00340.29840.28820.058-0.09540.6783-0.1701-0.68110.10580.23880.0362-0.00320.74870.20090.5178181.4303285.3245-18.7513
65.46781.22830.67781.854-0.23473.48220.04350.5140.4885-0.04770.0906-0.1563-0.15110.3371-0.13050.2958-0.00960.03240.3712-0.00330.352213.1911279.1878-19.6089
72.1406-1.1414-0.5491.42160.10553.3140.19440.89590.2569-0.3628-0.102-0.0281-0.1257-0.4842-0.11550.3434-0.0598-0.00510.61830.11270.3452197.4164279.4389-28.5739
82.5632-0.2157-0.08242.4317-0.4491.830.19370.90790.5852-0.43360.3855-0.155-0.0124-0.2653-0.3090.4935-0.04730.27930.51350.27330.5997208.6019281.6903-31.6443
96.2397-1.4298-3.23941.86991.92692.58040.02410.46970.1388-0.2524-0.4757-0.0961-0.7552-0.18780.36840.62190.16670.05261.06470.47110.768184.408294.9826-33.4103
101.5303-0.7786-0.00012.79940.17370.01980.24941.49890.7335-0.69440.1405-0.1488-0.2031-0.58270.14570.72410.154-0.00341.55370.43820.557191.0655289.8392-41.6935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 173 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 262 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 62 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 88 through 189 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 190 through 215 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 216 through 236 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 237 through 261 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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