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Yorodumi- PDB-6mlx: Crystal structure of T. pallidum Leucine Rich Repeat protein (TpLRR) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mlx | ||||||
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Title | Crystal structure of T. pallidum Leucine Rich Repeat protein (TpLRR) | ||||||
Components | Leucine-rich repeat protein TpLRR | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Secreted / Leucine Rich Repeat (LRR) / T. pallidum / Periplasmic LRR | ||||||
Function / homology | BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine-rich repeat domain superfamily / Leucine-rich repeat domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Treponema pallidum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Ramaswamy, R. / Loveless, B.C. / Houston, S. / Cameron, C.E. / Boulanger, M.J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2019 Title: Structural characterization of Treponema pallidum Tp0225 reveals an unexpected leucine-rich repeat architecture. Authors: Ramaswamy, R. / Houston, S. / Loveless, B. / Cameron, C.E. / Boulanger, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mlx.cif.gz | 332 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mlx.ent.gz | 273 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mlx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mlx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23353.248 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema pallidum (bacteria) / Plasmid: pACGP67b / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O06686 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M Bis-Tris HCl, pH 6.5 and 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL14-1 / Wavelength: 0.9202 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2018 Details: Flat bent collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9202 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→92.9 Å / Num. obs: 67107 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 9.9 % / Net I/σ(I): 15.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→69.308 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 36.28 Å2 / Biso mean: 27.6837 Å2 / Biso min: 19.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→69.308 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 1.9307 Å / Origin y: 37.8069 Å / Origin z: 60.2567 Å
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Refinement TLS group |
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