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- PDB-6m9t: Crystal structure of EP3 receptor bound to misoprostol-FA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m9t
タイトルCrystal structure of EP3 receptor bound to misoprostol-FA
要素Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype, Endolysin chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / prostaglandin E2 receptor 3 (EP3) / prostaglandin analogue / misoprostol-FA (biologically active free acid) / XFEL (自由電子レーザー) / LCP / T4L
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / 細胞死 / positive regulation of fever generation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process ...negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / 細胞死 / positive regulation of fever generation / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / 核膜 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP3 receptor / Prostanoid EP3 receptor, type 2 / DP1受容体 / Prostanoid receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Prostanoid EP3 receptor / Prostanoid EP3 receptor, type 2 / DP1受容体 / Prostanoid receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J9P / オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Audet, M. / White, K.L. / Breton, B. / Zarzycka, B. / Han, G.W. / Lu, Y. / Gati, C. / Batyuk, A. / Popov, P. / Velasquez, J. ...Audet, M. / White, K.L. / Breton, B. / Zarzycka, B. / Han, G.W. / Lu, Y. / Gati, C. / Batyuk, A. / Popov, P. / Velasquez, J. / Manahan, D. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Shui, W. / Katrich, V. / Cherezov, V. / Hanson, M.A. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of misoprostol bound to the labor inducer prostaglandin E2receptor.
著者: Audet, M. / White, K.L. / Breton, B. / Zarzycka, B. / Han, G.W. / Lu, Y. / Gati, C. / Batyuk, A. / Popov, P. / Velasquez, J. / Manahan, D. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Shui, W. / ...著者: Audet, M. / White, K.L. / Breton, B. / Zarzycka, B. / Han, G.W. / Lu, Y. / Gati, C. / Batyuk, A. / Popov, P. / Velasquez, J. / Manahan, D. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Shui, W. / Katritch, V. / Cherezov, V. / Hanson, M.A. / Stevens, R.C.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年4月29日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,26311
ポリマ－60,0231
非ポリマー2,23910
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.800, 54.850, 96.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Authors state that the biological unit is unknown.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype, Endolysin chimera / PGE2 receptor EP3 subtype / PGE2-R / Prostanoid EP3 receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 60023.445 Da / 分子数: 1
断片: EP3 UNP residues 2-259,273-353 with intervening lysozyme
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: PTGER3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43115, UniProt: P00720, リゾチーム

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非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-J9P / (11alpha,12alpha,13E,16S)-11,16-dihydroxy-16-methyl-9-oxoprost-13-en-1-oic acid


分子量: 368.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O5
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 3.8-4.2, 10-35 mM magnesium sulfate, 20-23% v/v PEG400, 2.5% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.302 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.302 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.03 Å / Num. obs: 22151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 223.9 % / Biso Wilson estimate: 74.95 Å2 / CC1/2: 0.9944 / R split: 0.01 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / 冗長度: 90.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 22097 / CC1/2: 0.193 / R split: 4.791 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 1.75 hours / Collimation: KB mirrors / Pulse duration: 40 fsec. / Pulse photon energy: 9.52 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: LCP / Flow rate: 0.22 µL/min / Injector diameter: 50 µm / Injector nozzle: LCP / Power by: HPLC pump
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 32143 / Frames failed index: 3643 / Frames indexed: 28500 / Frames total: 1311952 / Lattices indexed: 28500 / XFEL run numbers: 146-156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
CrystFEL0.6.2データ削減
CrystFEL0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3P0G & 4EIY

3p0g

4eiy


解像度: 2.5→27.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.315 / SU Rfree Blow DPI: 0.234 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1050 4.75 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 22101 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 128.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0572 Å20 Å220.0275 Å2
2---3.0975 Å20 Å2
3---8.1547 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→27.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3416 0 127 5 3548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093630HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.954909HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1257SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes530HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3630HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion479SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3985SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 127 4.34 %
Rwork0.279 2798 -
all0.282 2925 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95040.04811.1552.56180.84264.3817-0.159-0.23160.16670.05430.10920.3195-0.1149-0.57220.0498-1.04750.0099-0.0409-0.80360.0578-1.1661126.1788-10.9319145.6804
26.1972-0.21255.09484.1803-0.485912.5595-0.15280.32830.3114-0.4009-0.1887-0.2772-0.6020.98010.3415-0.7657-0.1645-0.2056-0.62510.0782-1.3404119.9708-17.1007102.9829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|46 - A|259 A|273 - A|353 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1000 - A|1163 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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