+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m81 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of TylM1 Y14F bound to SAH and dTDP-phenol | ||||||
Components | dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TylM1 / N-methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / methylation / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces fradiae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.782 Å | ||||||
Authors | Fick, R.J. / McDole, B.G. / Trievel, R.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2019 Title: Structural and Functional Characterization of Sulfonium Carbon-Oxygen Hydrogen Bonding in the Deoxyamino Sugar Methyltransferase TylM1. Authors: Fick, R.J. / Horowitz, S. / McDole, B.G. / Clay, M.C. / Mehl, R.A. / Al-Hashimi, H.M. / Scheiner, S. / Trievel, R.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6m81.cif.gz | 216.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6m81.ent.gz | 171 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6m81.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/6m81 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28521.881 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y14F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces fradiae (bacteria) / Gene: tylM1, tylMI / Plasmid: pET31 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) References: UniProt: P95748, dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose N,N-dimethyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-TLO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.78 % / Mosaicity: 0.487 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.46 Details: Precipitant:27% w/v PEG 3350, 20 mM sodium malonate, 1.25% v/v 2-propanol, 5.6 mM trimethylamine, 100 mM Hepes pH 7.46 Protein:20 mM sodium malonate pH 7.0, 100 mM sodium chloride, 5 mM ...Details: Precipitant:27% w/v PEG 3350, 20 mM sodium malonate, 1.25% v/v 2-propanol, 5.6 mM trimethylamine, 100 mM Hepes pH 7.46 Protein:20 mM sodium malonate pH 7.0, 100 mM sodium chloride, 5 mM AdoMet, 5 mM dTDP-phenol, 9 mg/mL TylM1 Y14F Protein:Precipitant 4:2uL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 8, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→50 Å / Num. obs: 96413 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 2.238 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 678249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.782→36.956 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.76 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.21 Å2 / Biso mean: 27.962 Å2 / Biso min: 12.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.782→36.956 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|