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Yorodumi- PDB-6lqf: Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lqf | ||||||
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Title | Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in complex with H3K4me3 peptide and DNA | ||||||
Components |
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Keywords | GENE REGULATION / ARID5 / PHD finger / ARID domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information chromocenter / plastid / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Liu, R. / Du, J. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Plant Cell / Year: 2020 Title: Dual Recognition of H3K4me3 and DNA by the ISWI Component ARID5 Regulates the Floral Transition in Arabidopsis. Authors: Tan, L.M. / Liu, R. / Gu, B.W. / Zhang, C.J. / Luo, J. / Guo, J. / Wang, Y. / Chen, L. / Du, X. / Li, S. / Shao, C.R. / Su, Y.N. / Cai, X.W. / Lin, R.N. / Li, L. / Chen, S. / Du, J. / He, X.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lqf.cif.gz | 114.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6lqf.ent.gz | 90.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lqf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/6lqf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22936.092 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: ARID4, At3g43240, F7K15.90 / Plasmid: pSUMO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6NQ79 | ||||||
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#2: Protein/peptide | Mass: 1607.877 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / References: UniProt: P59226 | ||||||
#3: DNA chain | Mass: 3660.428 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5 / Details: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 15% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 49942 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 246245 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→25.035 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.23 Å2 / Biso mean: 30.0566 Å2 / Biso min: 14.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→25.035 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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