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- PDB-6lpc: Crystal Structure of rat Munc18-1 with K332E/K333E mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lpc
タイトルCrystal Structure of rat Munc18-1 with K332E/K333E mutation
要素Syntaxin-binding protein 1
キーワードEXOCYTOSIS (エキソサイトーシス) / Synaptic exocytosis / Membrane fusion / SNAREs-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vesicle docking / regulation of acrosomal vesicle exocytosis / positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of SNARE complex assembly / regulation of vesicle fusion / developmental process involved in reproduction / axon target recognition / extrinsic component of presynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle priming / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...positive regulation of vesicle docking / regulation of acrosomal vesicle exocytosis / positive regulation of glutamate secretion, neurotransmission / negative regulation of SNARE complex assembly / regulation of vesicle fusion / developmental process involved in reproduction / axon target recognition / extrinsic component of presynaptic membrane / regulation of synaptic vesicle priming / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / presynaptic dense core vesicle exocytosis / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / platelet degranulation / neuromuscular synaptic transmission / synaptic vesicle maturation / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of mast cell degranulation / vesicle docking involved in exocytosis / Α顆粒 / neurotransmitter secretion / presynaptic cytosol / parallel fiber to Purkinje cell synapse / syntaxin-1 binding / long-term synaptic depression / SNARE complex assembly / syntaxin binding / synaptic vesicle priming / エキソサイトーシス / positive regulation of exocytosis / phospholipase binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / presynaptic active zone membrane / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / SNARE binding / 分泌 / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / intracellular protein transport / terminal bouton / 血小板 / cellular response to type II interferon / presynapse / response to estradiol / postsynapse / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein domain specific binding / 神経繊維 / glutamatergic synapse / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Sec1-like, domain 1 / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Syntaxin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.402 Å
データ登録者Wang, X.P. / Gong, J.H. / Wang, S. / Zhu, L. / Yang, X.Y. / Xu, Y.Y. / Yang, X.F. / Ma, C.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670846 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB910800 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31721002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670850 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Munc13 activates the Munc18-1/syntaxin-1 complex and enables Munc18-1 to prime SNARE assembly.
著者: Wang, X. / Gong, J. / Zhu, L. / Wang, S. / Yang, X. / Xu, Y. / Yang, X. / Ma, C.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntaxin-binding protein 1
B: Syntaxin-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3312
ポリマ－135,3312
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer, but displaying dimerization in crystal packing.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area46090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.475, 80.475, 247.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...
21(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA1 - 61 - 6
12LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA7 - 87 - 8
13METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA1 - 5881 - 588
14METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA1 - 5881 - 588
15METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA1 - 5881 - 588
16METMETTHRTHR(chain A and (resid 1 through 6 or (resid 7...AA1 - 5881 - 588
21METMETILEILE(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 611 - 61
22ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB62 - 6662 - 66
23METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 5851 - 585
24METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 5851 - 585
25METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 5851 - 585
26METMETLEULEU(chain B and (resid 1 through 61 or (resid 62...BB1 - 5851 - 585

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要素

#1: タンパク質 Syntaxin-binding protein 1 / Munc18-1 / N-Sec1 / Protein unc-18 homolog 1 / Unc18-1 / Protein unc-18 homolog A / Unc-18A / p67 / rbSec1


分子量: 67665.570 Da / 分子数: 2 / 変異: K332E, K333E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stxbp1, Unc18a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61765

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 21586 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2162 / CC1/2: 0.934 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.658 / Χ2: 0.66 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PUJ

3puj


解像度: 3.402→49.072 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3306 1102 5.14 %
Rwork0.2809 --
obs0.2834 21456 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 252.62 Å2 / Biso mean: 135.813 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.402→49.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7114 0 0 0 7114
残基数----1000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8349914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5224353
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3590X-RAY DIFFRACTION11.268TORSIONAL
12B3590X-RAY DIFFRACTION11.268TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.402-3.55680.43551610.3734251399
3.5568-3.74430.39591340.349251599
3.7443-3.97880.40521280.33532567100
3.9788-4.28580.34691360.30722534100
4.2858-4.71680.36511340.29922556100
4.7168-5.39860.33091490.29962541100
5.3986-6.79880.33661260.33052564100
6.7988-49.0720.27331340.2167256499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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