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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lk8 | |||||||||
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タイトル | Structure of Xenopus laevis Cytoplasmic Ring subunit. | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / building block of vertebrate NPC. | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / macromolecule metabolic process / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nitrogen compound transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / organic substance transport ...macromolecule localization / GATOR2 complex / nephron development / macromolecule metabolic process / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nitrogen compound transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / organic substance transport / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TOR signaling / intracellular transport / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / 動原体 / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / lysosomal membrane / 細胞分裂 / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi, Y. / Huang, G. / Yan, C. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structure of the cytoplasmic ring of the Xenopus laevis nuclear pore complex by cryo-electron microscopy single particle analysis. 著者: Gaoxingyu Huang / Yanqing Zhang / Xuechen Zhu / Chao Zeng / Qifan Wang / Qiang Zhou / Qinghua Tao / Minhao Liu / Jianlin Lei / Chuangye Yan / Yigong Shi / 要旨: The nuclear pore complex (NPC) exhibits structural plasticity and has only been characterized at local resolutions of up to 15 Å for the cytoplasmic ring (CR). Here we present a single-particle ...The nuclear pore complex (NPC) exhibits structural plasticity and has only been characterized at local resolutions of up to 15 Å for the cytoplasmic ring (CR). Here we present a single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the CR from Xenopus laevis NPC at average resolutions of 5.5-7.9 Å, with local resolutions reaching 4.5 Å. Improved resolutions allow identification and placement of secondary structural elements in the majority of the CR components. The two Y complexes in each CR subunit interact with each other and associate with those from flanking subunits, forming a circular scaffold. Within each CR subunit, the Nup358-containing region wraps around the stems of both Y complexes, likely stabilizing the scaffold. Nup205 connects the short arms of the two Y complexes and associates with the stem of a neighboring Y complex. The Nup214-containing region uses an extended coiled-coil to link Nup85 of the two Y complexes and protrudes into the axial pore of the NPC. These previously uncharacterized structural features reveal insights into NPC assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lk8.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lk8.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 11種, 23分子 AaCcDdEeFfHhIiJjSTUVKQR
#1: タンパク質 | 分子量: 227854.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q642R6 #3: タンパク質 | 分子量: 41744.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q05AW3 #4: タンパク質 | 分子量: 36037.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q4FZW5 #5: タンパク質 | 分子量: 162658.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1L8GIX3 #6: タンパク質 | 分子量: 36588.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q66IZ6 #8: タンパク質 | 分子量: 35315.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q7ZYJ8 #9: タンパク質 | 分子量: 105398.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A2RV69 #10: タンパク質 | 分子量: 127551.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1L8H1I9 #11: タンパク質 | 分子量: 322784.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1L8HGL2 #12: タンパク質 | | 分子量: 5890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) #18: タンパク質 | 分子量: 33293.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
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-Nuclear pore complex protein ... , 2種, 4分子 BbGg
#2: タンパク質 | 分子量: 75160.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q68FJ0 #7: タンパク質 | 分子量: 105079.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1L8HBE3 |
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-Nup214 complex coiled coil region 1, helix ... , 2種, 2分子 LM
#13: タンパク質 | 分子量: 6826.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
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#14: タンパク質 | 分子量: 6230.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-Nup214 complex Coiled coil region 2, helix ... , 3種, 3分子 NOP
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
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#16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2996.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-詳細
配列の詳細 | Authors know the chains K,L,M and N,O,P come from the coiled-coil region from Nup88,Nup62 and ...Authors know the chains K,L,M and N,O,P come from the coiled-coil region from Nup88,Nup62 and Nup214 (termed Nup214 complex). However, at the current resolution, the three helices of the coiled coil cannot be distinguished a nd there are no crystal structure of the three proteins. (1) Xl_Nup214_Q9PVZ2 MEDDTDLPPE |
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