PDB-6kx8: Crystal structure of mouse Cryptochrome 2 in complex with TH301 c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kx8

タイトル

Crystal structure of mouse Cryptochrome 2 in complex with TH301 compound

要素

Cryptochrome-2

クリプトクロム

キーワード

CIRCADIAN CLOCK PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of sodium-dependent phosphate transport / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm /

lipid storage / entrainment of circadian clock by photoperiod /

photoreceptor activity / response to light stimulus /

phosphatase binding / FAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Isoform-selective regulation of mammalian cryptochromes.
著者: Miller, S. / Son, Y.L. / Aikawa, Y. / Makino, E. / Nagai, Y. / Srivastava, A. / Oshima, T. / Sugiyama, A. / Hara, A. / Abe, K. / Hirata, K. / Oishi, S. / Hagihara, S. / Sato, A. / Tama, F. / ...

履歴

登録	2019年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kx8.cif.gz	457 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kx8.ent.gz	309.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/6kx8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kx4C 6kx5C 6kx6C 6kx7C 4mlpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kx5-d 4rnm-d 5kfz-d 5kg3-d 3ejb-3 4i6g-1 3ejd-1 4q8e-d 6q02-d 5kfx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cryptochrome-2

B: Cryptochrome-2

ヘテロ分子

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cryptochrome-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in solution
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cryptochrome-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.171, 120.250, 69.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.208, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cryptochrome-2 / クリプトクロム分子量: 58847.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9R194
#2: 化合物	ChemComp-DYX / 1-(4-chlorophenyl)-N-[2-(4-methoxyphenyl)-5,5-bis(oxidanylidene)-4,6-dihydrothieno[3,4-c]pyrazol-3-yl]cyclopentane-1-carboxamide 分子量: 485.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄ClN₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES-NaOH pH 7.0, 15% (w/v) PEG3350, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→47.11 Å / Num. obs: 53577 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.49 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7790 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 0.576 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
DIALS		データスケーリング
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MLP

4mlp

解像度: 2.25→47.08 Å / SU ML: 0.2492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7981

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	2628	4.91 %
R_work	0.1848	-	-
obs	0.1866	53532	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7291	0	66	298	7655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	7580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8343	10353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0416	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0831	4399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.29	0.3436	117	0.2558	2600	X-RAY DIFFRACTION	96.01
2.29-2.33	0.2818	132	0.241	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.33-2.38	0.2869	134	0.2361	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.38-2.43	0.2768	136	0.2299	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.43-2.49	0.2601	143	0.2154	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.49-2.55	0.2344	135	0.2108	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.55-2.62	0.2564	149	0.2045	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.62-2.7	0.249	135	0.2032	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.7-2.78	0.2596	153	0.2011	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.78-2.88	0.254	141	0.1992	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-3	0.2115	123	0.1993	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-3.14	0.2465	126	0.1952	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.14-3.3	0.2382	153	0.191	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.3-3.51	0.2035	131	0.1824	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.51-3.78	0.2156	151	0.1666	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.78-4.16	0.179	148	0.1527	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.16-4.76	0.1512	151	0.1563	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-6	0.2016	151	0.1771	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
6-47.08	0.2302	119	0.1735	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.97912892566	0.157555906415	-0.2795403839	0.973143488029	-0.0407533401181	1.46596908602	-0.0260687868566	-0.142841121042	0.0141678051047	0.173659248352	-0.0940238390353	0.109982257568	-0.0286280670901	-0.0957384967208	0.107036233358	0.241920862158	-0.0121745207351	0.0384875696937	0.249760491316	-0.027295798703	0.288825070861	-0.147742013569	7.93774084628	9.79442578122
2	2.26070745636	0.473905737772	-0.291258567206	0.610915139204	0.316557543799	1.59702227739	-0.0914212487336	0.129352072076	0.10978287542	-0.0959017190248	-0.0393426097846	-0.0740622562304	-0.100045613713	0.231835350931	0.1148425018	0.250002913614	0.000886057424205	0.019393300473	0.266529755637	0.0754843878239	0.288846152829	24.051089433	7.16501323389	-8.75777799637
3	0.845173846799	0.123910002386	0.0280300945807	0.632896385919	-0.232462469898	1.35943151012	0.0160482484304	-0.0983326120423	-0.252929374611	0.359447652289	0.153374606355	-0.110494020321	0.38913289706	0.340576384921	-0.133730175331	0.548244918507	0.177234153798	-0.160747784063	0.409127929521	-0.010956565132	0.410357153333	44.5328454892	-28.9381236665	33.3200450919
4	0.946890717017	-0.0871622349859	0.304764482403	1.33863255325	-0.308646221821	2.0243878724	0.0475032544469	-0.1980388609	-0.123486713567	0.423522106928	0.017748453576	-0.282036768617	0.22344185929	0.123928557046	-0.0829385588466	0.502834063427	0.116736811322	-0.101942765397	0.355647983642	0.0204893287743	0.335538061407	38.6589115436	-28.2594385984	34.2130032152
5	1.07713913188	-0.226485848003	0.36643191808	1.49937772249	0.154062779414	2.13092495997	0.0141263216405	0.0526773125166	0.115885716468	0.314787182396	-0.0125697205119	-0.398050612405	0.0668358410241	0.219689518442	-0.0407808178415	0.471339376514	0.0832293269106	-0.0781153408153	0.323597268387	-0.0280052827639	0.386686686922	41.8240658879	-20.1647887823	33.8041328398
6	1.54967094211	0.588536550568	0.153952763615	1.16750596985	-0.242888614654	2.27051403938	-0.117959334948	0.0157832190483	0.249648488673	0.0698471777837	0.192926057199	-0.175885938768	0.115539269861	0.507834118322	-0.00760397927856	0.264243175528	0.0465353339348	-0.0577049426885	0.316770238063	0.0359534897468	0.350083361095	43.5486456734	-17.5744645429	16.7676998224
7	2.10276068138	-0.282590550355	0.709582504162	0.71569973165	0.0846323628382	2.07822339359	-0.0469118260913	-0.256384011375	0.162505894691	0.270486639679	0.0658318664154	-0.0559529188716	-0.0151023504363	-0.179802106137	-0.0106146454162	0.378224834241	0.0754046403545	-0.00330184883723	0.27631723799	0.0297222865268	0.259524792979	24.9345801169	-15.8343604841	24.7123001174
8	1.587298658	0.422544684607	0.30026608661	1.36841420725	-0.0792970443063	1.66890316124	0.00217155579144	0.145546371576	-0.100653805609	0.0190390931142	0.0240837638312	-0.0502678793053	0.225458411811	0.0132870123757	-0.061396490948	0.280271035395	0.0182249125638	0.0131703822479	0.210104694319	0.0156529073886	0.210158278421	26.47450613	-24.3523344023	6.14095526138
9	0.94088197348	-0.0171083344026	-0.720508769054	0.890307625656	0.139461959149	1.86229463032	-0.0038730870566	0.0466166954439	0.104873700128	-0.0218062503225	-0.0101135082425	-0.0126185608779	-0.0299667496544	-0.226725014662	-0.0663769652673	0.305904024007	0.0274330482769	-0.0334551545391	0.272059530379	0.0510974271489	0.304171926773	20.9084112332	-17.403144899	12.240315377
10	1.06505270466	-0.670028912216	0.130908589374	1.64867138044	-0.397609610317	1.85328176022	0.165360880599	0.335132077212	0.127386373109	-0.376597978081	-0.115509474815	-0.00442120453071	-0.00689618315195	-0.104525931665	-0.135943257214	0.377324845315	0.0404676864608	0.0269112471307	0.378471322234	-0.0144950589579	0.256978704848	25.9533146259	-20.3525145843	-8.38558683095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 318 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 319 through 506 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 20 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 67 through 167 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 168 through 213 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 214 through 279 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 280 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 342 through 402 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 403 through 440 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 441 through 504 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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