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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kuf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of barley exohydrolaseI W434A mutant in complex with glucose. | ||||||
![]() | BETA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE ISOENZYME EXO1 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luang, S. / Streltsov, V.A. / Hrmova, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The evolutionary advantage of an aromatic clamp in plant family 3 glycoside exo-hydrolases. 著者: Luang, S. / Fernandez-Luengo, X. / Nin-Hill, A. / Streltsov, V.A. / Schwerdt, J.G. / Alonso-Gil, S. / Ketudat Cairns, J.R. / Pradeau, S. / Fort, S. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Rovira, C. / Hrmova, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 257.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jg1C ![]() 6jg2C ![]() 6jg6C ![]() 6jg7C ![]() 6jgaC ![]() 6jgbC ![]() 6jgcC ![]() 6jgdC ![]() 6jgeC ![]() 6jggC ![]() 6jgkC ![]() 6jglC ![]() 6jgnC ![]() 6jgoC ![]() 6jgpC ![]() 6jgqC ![]() 6jgrC ![]() 6jgsC ![]() 6jgtC ![]() 6k6vC ![]() 6l1jC ![]() 6lbbC ![]() 6lbvC ![]() 6lc5C ![]() 3wliS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65778.938 Da / 分子数: 1 / 変異: W434A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 糖 | ChemComp-BGC / ![]() |
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#3: 糖 | ![]() |
-非ポリマー , 4種, 726分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / ![]() | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, ...Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, probably side chain of this residue is flexible. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 75 mM HEPES-NaOH buffer, pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→88.15 Å / Num. obs: 70151 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Num. unique obs: 70151 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3WLI 解像度: 1.9→45.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 4.325 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.1 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.09 Å2 / Biso mean: 29.862 Å2 / Biso min: 10.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→45.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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