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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kty | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the flagellar cap protein FliD from Bdellovibrio bacteriovorus | ||||||
要素 | Flagellar hook-associated protein 2 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial flagellar cap protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, S.Y. / Yoon, S.I. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of the flagellar cap protein FliD from Bdellovibrio bacteriovorus. 著者: Cho, S.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kty.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kty.ent.gz | 60.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kty.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kty_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kty_full_validation.pdf.gz | 424.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kty_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kty_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/6kty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/6kty | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21218.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア) 株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: fliD, Bd0610 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6MQ71 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: ammonium sulfate, MES, PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 13863 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 46.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.02 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 694 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→30 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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