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- PDB-6krn: Crystal structure of GH30 xylanase B from Talaromyces cellulolyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6krn
タイトルCrystal structure of GH30 xylanase B from Talaromyces cellulolyticus expressed by Pichia pastoris in complex with aldotriuronic acid
要素Mating factor alpha,GH30 Xylanase B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Xylanase (キシラナーゼ) / Glucuronoxylanase (グルクロノアラビノキシラン エンド-1,4-β-キシラナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mating pheromone activity / 交配 / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mating factor alpha / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 ...Mating factor alpha / Mating factor alpha, C-terminal repeat / Mating factor alpha precursor, N-terminal / Yeast mating factor alpha hormone / Mating factor alpha precursor N-terminus / Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GH30 Xylanase B / Bifunctional glucuronoxylanase and xylobiohydrolase Xyn30B / Mating factor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces uvarum (酵母)
Talaromyces cellulolyticus CF-2612 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Inoue, H.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2020
タイトル: Substrate recognition by a bifunctional GH30-7 xylanase B from Talaromyces cellulolyticus.
著者: Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Matsushika, A. / Inoue, H.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mating factor alpha,GH30 Xylanase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0317
ポリマ－59,3011
非ポリマー3,7296
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint52 kcal/mol
Surface area18120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.251, 78.700, 118.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 499分子 A

#1: タンパク質 Mating factor alpha,GH30 Xylanase B / Alpha mating pheromone


分子量: 59301.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Mating factor alpha (UNP residues 1-89), linker, and GH30 Xylanase B (UNP residues 23-474).
由来: (組換発現) Saccharomyces uvarum (酵母), (組換発現) Talaromyces cellulolyticus CF-2612 (菌類)
発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
参照: UniProt: P25501, UniProt: A0A4V8H018, UniProt: A0A510NXC4*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 472.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-2/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The sequence region is from a commercial vector pPIC9K (Thermo fisher scientific).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: PEG 3350, HEPES, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.653→33.41 Å / Num. obs: 71087 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04648 / Rpim(I) all: 0.02424 / Rrim(I) all: 0.05262 / Net I/σ(I): 15.35
反射 シェル解像度: 1.653→1.712 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 7017 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.2389 / Rrim(I) all: 0.5184 / % possible all: 99.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP11.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IUJ

6iuj


解像度: 1.653→33.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 3554 5 %
Rwork0.1695 --
all0.171 --
obs-71087 99.496 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.213 Å20 Å20 Å2
2--0.101 Å20 Å2
3----1.314 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.653→33.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3517 0 249 498 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0183340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.7275346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.1791.6527811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2225467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37823.696184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78515555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8561514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02810
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2140.23296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22030
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1150.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1740.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2812.3061853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2812.3041852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8923.4492325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8913.4512326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2572.6042072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2572.6042072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2623.8073021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2613.8083022
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.87628.8374455
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.7728.2494339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.653-1.6960.2812580.2534900X-RAY DIFFRACTION98.907
1.696-1.7420.2582540.2134819X-RAY DIFFRACTION99.9409
1.742-1.7930.2382450.2014670X-RAY DIFFRACTION99.8578
1.793-1.8480.242410.1894564X-RAY DIFFRACTION99.6268
1.848-1.9080.2022270.1744319X-RAY DIFFRACTION98.1222
1.908-1.9750.2022260.1714303X-RAY DIFFRACTION99.7138
1.975-2.0490.1882160.1674097X-RAY DIFFRACTION99.7456
2.049-2.1320.2032100.1683993X-RAY DIFFRACTION99.7626
2.132-2.2270.1672010.1633821X-RAY DIFFRACTION99.9006
2.227-2.3350.1921930.1643655X-RAY DIFFRACTION99.7925
2.335-2.460.171850.1613511X-RAY DIFFRACTION99.784
2.46-2.6090.1991730.1573290X-RAY DIFFRACTION99.6834
2.609-2.7880.1891640.1583115X-RAY DIFFRACTION99.3035
2.788-3.0090.1621530.1632913X-RAY DIFFRACTION99.7398
3.009-3.2940.1861420.172700X-RAY DIFFRACTION99.6843
3.294-3.6780.1861280.1682433X-RAY DIFFRACTION99.3406
3.678-4.2390.1751150.1432181X-RAY DIFFRACTION99.1793
4.239-5.1710.141980.1491856X-RAY DIFFRACTION99.2382
5.171-7.2270.185780.1951481X-RAY DIFFRACTION99.6166
7.227-33.410.268470.22909X-RAY DIFFRACTION99.6872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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