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万見
- PDB-6kra: Solution NMR Structure of RMAD4 alpha Defensin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kra
タイトルSolution NMR Structure of RMAD4 alpha Defensin
要素Neutrophil defensin 4
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / Defensin (ディフェンシン) / beta-sheets / disulfide bonds (ジスルフィド) / antimicrobial
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of plasma membrane integrity in another organism / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 4
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Agadi, N. / Kumar, A. / Shukla, V.K.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India)SR/SO/BB-0022/2012 インド
Department of Science & Technology (India)SR/WOS-A/LS-566/2013(G) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR Structure of RMAD4 alpha Defensin.
著者: Agadi, N. / Kumar, A. / Shukla, V.K. / Vasudevan, S.V.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9741
ポリマ－3,9741
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 4 / RMAD-4


分子量: 3973.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Macaca mulatta (アカゲザル) / 参照: UniProt: P82319

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM Rehesus macaque Myeloid Alpha Defensin 4, 0.01 % v/v Glacial Acetric acid, 90 % v/v H2O, 10 % v/v [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
詳細: Synthetic peptide was refolded using Air Oxidation and then purified by HPLC
Label: Natural Abundance / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRehesus macaque Myeloid Alpha Defensin 4natural abundance1
0.01 % v/vGlacial Acetric acidnatural abundance1
90 % v/vH2Onatural abundance1
10 % v/vD2O[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: natural abundance / pH: 3.7 / PH err: 0.05 / 圧: 760 mmHg / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Ascend / 製造業者: Bruker / モデル: Ascend / 磁場強度: 750 MHz / 詳細: IIT BOMBAY

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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