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- PDB-6kjz: Crystal structure of PDE4D catalytic domain complexed with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjz
タイトルCrystal structure of PDE4D catalytic domain complexed with compound 1
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PDE4 inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MKU / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.20000094865 Å
データ登録者Huang, Y.-Y. / He, X. / Luo, H.-B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21877134 中国
National Natural Science Foundation of China81522041 中国
National Natural Science Foundation of China21572279 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Optimization of alpha-Mangostin Derivatives as Novel PDE4 Inhibitors for the Treatment of Vascular Dementia.
著者: Liang, J. / Huang, Y.Y. / Zhou, Q. / Gao, Y. / Li, Z. / Wu, D. / Yu, S. / Guo, L. / Chen, Z. / Huang, L. / Liang, S.H. / He, X. / Wu, R. / Luo, H.B.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年5月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6728
ポリマ－75,6722
非ポリマー1,0006
水5,008278
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3364
ポリマ－37,8361
非ポリマー5003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3364
ポリマ－37,8361
非ポリマー5003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.311, 79.700, 163.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 37835.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MKU / 5,9-dihydroxy-8-methoxy-2,2-dimethyl-7-(3-methylbut-2-en-1-yl)-3,4-dihydro-2H,6H-pyrano[3,2-b]xanthen-6-one / 3-isomangostin / 3-イソマンゴスチン


分子量: 410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.4), 0.1 M MgCl2, 15-20% PE G3350, 10% isopropanol, 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22.15 Å / Num. obs: 40198 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.1812120528 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 4050 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrysalisPro38.41データ削減
CrysalisPro38.41データスケーリング
PHASER1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WQA

5wqa


解像度: 2.20000094865→22.1481461147 Å / SU ML: 0.264293148852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.370723182 / 位相誤差: 24.8855051815
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246253774685 1910 4.80418542647 %
Rwork0.201308334149 --
obs0.203477361054 39757 99.2089634177 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.2062049023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20000094865→22.1481461147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5303 0 64 278 5645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007689548049325477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8708839251017452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449258933089849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005593973201621012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.39274224133292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.2550.3198338305061190.222627X-RAY DIFFRACTION98.2117310443
2.255-2.31590.3114772052321370.2555138339112639X-RAY DIFFRACTION99.0720913633
2.3159-2.38390.2971547722241260.2351074045332713X-RAY DIFFRACTION99.8241912799
2.3839-2.46080.2416618413941410.2227613801832669X-RAY DIFFRACTION99.9644254714
2.4608-2.54860.2455402378291160.2346885626052724X-RAY DIFFRACTION99.8944776644
2.5486-2.65050.3091278865221480.2292369728932669X-RAY DIFFRACTION100
2.6505-2.77090.2994143336551560.2303805695772675X-RAY DIFFRACTION99.9646892655
2.7709-2.91670.2759631149391250.2279673129892712X-RAY DIFFRACTION99.7889553289
2.9167-3.0990.2539354221851520.2221486498392718X-RAY DIFFRACTION99.7913769124
3.099-3.33750.2537543857961230.2181736480592715X-RAY DIFFRACTION99.7539543058
3.3375-3.6720.2558247792771300.1980796113542751X-RAY DIFFRACTION99.7576177285
3.672-4.20020.2245926532551430.1811132035612723X-RAY DIFFRACTION99.4103364551
4.2002-5.280.2105236569921490.1574099195982741X-RAY DIFFRACTION98.6348122867
5.28-22.140.1876056329981450.1599924439282771X-RAY DIFFRACTION95.2629859523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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