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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kgi | ||||||
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タイトル | RLGS-yUbr1 Ubr box | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase UBR1 | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Ubr1 / Ubr box | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / proteasome regulatory particle binding / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome regulatory particle, base subcomplex / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...regulation of dipeptide transport / UBR1-RAD6 ubiquitin ligase complex / proteasome regulatory particle binding / stress-induced homeostatically regulated protein degradation pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome regulatory particle, base subcomplex / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ERAD pathway / protein monoubiquitination / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å | ||||||
データ登録者 | Heo, J. / Kwon, D.H. / Kim, L. / Song, H.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Use of the LC3B-fusion technique for biochemical and structural studies of proteins involved in the N-degron pathway. 著者: Kim, L. / Kwon, D.H. / Heo, J. / Park, M.R. / Song, H.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kgi.cif.gz | 45.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kgi.ent.gz | 30.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9678.886 Da / 分子数: 1 / 断片: Ubr box / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBR1, PTR1, YGR184C, G7168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19812, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M BIS-Tris pH 6.5, 2.7-3.0M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.04→50 Å / Num. obs: 62982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Net I/σ(I): 43.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.04→1.06 Å / Num. unique obs: 6200 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NIT 解像度: 1.04→30.25 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.89
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.99 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.8948 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.04→30.25 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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